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- PDB-1moj: Crystal structure of an archaeal dps-homologue from Halobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1moj
タイトルCrystal structure of an archaeal dps-homologue from Halobacterium salinarum
要素Dps-like ferritin
キーワードDNA BINDING PROTEIN / dps / ferritin / four-helix bundle / halophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zeth, K. / Offermann, S. / Essen, L.O. / Oesterhelt, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Iron-oxo clusters biomineralizing on protein surfaces: Structural analysis of Halobacterium salinarum DpsA in its low- and high-iron states.
著者: Zeth, K. / Offermann, S. / Essen, L.O. / Oesterhelt, D.
履歴
登録2002年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dps-like ferritin
B: Dps-like ferritin
C: Dps-like ferritin
D: Dps-like ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,96616
ポリマ－80,4874
非ポリマー47812
水5,350297
1
A: Dps-like ferritin
B: Dps-like ferritin
C: Dps-like ferritin
D: Dps-like ferritin
ヘテロ分子

A: Dps-like ferritin
B: Dps-like ferritin
C: Dps-like ferritin
D: Dps-like ferritin
ヘテロ分子

A: Dps-like ferritin
B: Dps-like ferritin
C: Dps-like ferritin
D: Dps-like ferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,89748
ポリマ－241,46212
非ポリマー1,43536
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area66570 Å2
ΔGint-476 kcal/mol
Surface area60980 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.747, 90.747, 149.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-305-

FE

21C-312-

NA

31B-366-

HOH

詳細The biological assembly of a 23-symmetric dodecamer is generated from the tetramer in the asymmetric unit by the operations: -Y,X-Y,Z and Y-X,-X,Z

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要素

#1: タンパク質
Dps-like ferritin / starvation induced DNA binding protein / DpsA


分子量: 20121.846 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: TOM / 参照: UniProt: Q9HMP7
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 400, Tris/HCl, magnesium chloride, sodium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 66071 / Num. obs: 63709 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DPS

1dps


解像度: 1.9→29.88 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The crystal was merohedrally twinned along the z-axis with a twinning ratio of 0.57/0.43 for relating reflections h,k,l with -h,-k,l. Refinement of the twinned crystal proceeded in CNS, but ...詳細: The crystal was merohedrally twinned along the z-axis with a twinning ratio of 0.57/0.43 for relating reflections h,k,l with -h,-k,l. Refinement of the twinned crystal proceeded in CNS, but the twinned R-factors are systematically underestimated compared to the non-twinned case
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 5597 9.9 %SHELLS
Rwork0.147 ---
all0.151 56607 --
obs0.147 56417 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7172 Å2 / ksol: 0.427365 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å2-0.9 Å20 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5459 0 12 297 5768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.372.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 422 4.3 %
Rwork0.215 6506 -
obs-6928 99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMTOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMTOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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