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万見
- PDB-1mof: COAT PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mof
タイトルCOAT PROTEIN
要素MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS P15
キーワードVIRAL PROTEIN / GLYCOPROTEIN / COAT PROTEIN / POLYPROTEIN / TRANSMEMBRANE / SIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
F-MuLV receptor-binding / ENV polyprotein (coat polyprotein) / TLV/ENV coat polyprotein / Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fass, D. / Harrison, S.C. / Kim, P.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Retrovirus envelope domain at 1.7 angstrom resolution.
著者: Fass, D. / Harrison, S.C. / Kim, P.S.
履歴
登録1996年4月2日処理サイト: BNL
改定 1.01996年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS P15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2042
ポリマ－6,1691
非ポリマー351
水70339
1
A: MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS P15
ヘテロ分子

A: MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS P15
ヘテロ分子

A: MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS P15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6136
ポリマ－18,5073
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area5740 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area9120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.100, 53.100, 53.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-99-

CL

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要素

#1: タンパク質 MOLONEY MURINE LEUKEMIA VIRUS P15


分子量: 6169.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
属: Gammaretrovirus / 生物種: Murine leukemia virus / プラスミド: PAED4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03385
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUE 94 IS A CYSTEINE IN WILD TYPE P15 PROTEIN. PEPTIDE CONTAINING THIS CYSTEINE CRYSTALLIZES ...RESIDUE 94 IS A CYSTEINE IN WILD TYPE P15 PROTEIN. PEPTIDE CONTAINING THIS CYSTEINE CRYSTALLIZES ISOMORPHOUSLY WITH THE ALANINE MUTANT, WAS SOLVED TO 1.8A RESOLUTION (R FACTOR .190 AND HAS A STRUCTURE IS VIRTUALLY IDENTICAL TO THAT OF THE MUTANT. TO GENERATE THE WILD-TYPE MODEL, REPLACE ALA 94 WITH CYSTEINE IN ITS MOST COMMON ROTAMER.
Has protein modificationY
配列の詳細AN AMINO TERMINAL METHIONINE WAS PRESENT AS AN EXPRESSION ARTIFACT. DENSITY FOR THIS METHIONINE WAS ...AN AMINO TERMINAL METHIONINE WAS PRESENT AS AN EXPRESSION ARTIFACT. DENSITY FOR THIS METHIONINE WAS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. RESIDUE ASP 45 WAS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. RESIDUE ASP 98 WAS INCLUDED IN REFINEMENT BUT ITS ATOMS HAVE HIGH B FACTORS AND ITS POSITION SHOULD BE CONSIDERED AMBIGUOUS. THE CHLORIDE ION WAS NOT INCLUDED IN THE REFINEMENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.18 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.6 M1reservoirNaCl
250 mM1reservoirKPO4
32.5 %PEG80001reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 96 % / Rmerge(I) obs: 0.061

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUDDHAデータ収集
X-PLOR精密化
BUDDHAデータ削減
精密化解像度: 1.7→20 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 402 7.6 %
Rwork0.169 --
obs0.169 5295 99.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数413 0 1 39 453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.385
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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