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万見
- PDB-1mo8: ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mo8
タイトルATPase
要素Sodium/Potassium-Transporting ATPase alpha-1
キーワードHYDROLASE / six-stranded / twisted beta sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


energy coupled proton transmembrane transport, against electrochemical gradient / negative regulation of glucocorticoid biosynthetic process / Ion transport by P-type ATPases / Na+/K+-exchanging ATPase / P-type potassium transmembrane transporter activity / positive regulation of striated muscle contraction / positive regulation of heart contraction / steroid hormone binding / sodium ion homeostasis / response to glycoside ...energy coupled proton transmembrane transport, against electrochemical gradient / negative regulation of glucocorticoid biosynthetic process / Ion transport by P-type ATPases / Na+/K+-exchanging ATPase / P-type potassium transmembrane transporter activity / positive regulation of striated muscle contraction / positive regulation of heart contraction / steroid hormone binding / sodium ion homeostasis / response to glycoside / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium ion binding / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / membrane repolarization / negative regulation of heart contraction / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / regulation of the force of heart contraction / osmosensory signaling pathway / intracellular sodium ion homeostasis / membrane hyperpolarization / intracellular potassium ion homeostasis / regulation of cardiac muscle cell contraction / ankyrin binding / relaxation of cardiac muscle / Ion homeostasis / sodium ion transport / cellular response to steroid hormone stimulus / heart contraction / organelle membrane / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / phosphatase activity / sperm flagellum / intercalated disc / lateral plasma membrane / phosphatidylinositol 3-kinase binding / regulation of sodium ion transport / cardiac muscle contraction / T-tubule / proton transmembrane transport / potassium ion transport / sarcolemma / ADP binding / caveola / transmembrane transport / regulation of blood pressure / cellular response to mechanical stimulus / melanosome / protein-folding chaperone binding / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / endosome / apical plasma membrane / protein domain specific binding / protein heterodimerization activity / response to xenobiotic stimulus / axon / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) ...: / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / Automated NOESY cross peak assignment
データ登録者Hilge, M. / Siegal, G. / Vuister, G.W. / Guentert, P. / Gloor, S.M. / Abrahams, J.P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: ATP-induced conformational changes of the nucleotide-binding domain of Na,K-ATPase
著者: Hilge, M. / Siegal, G. / Vuister, G.W. / Guentert, P. / Gloor, S.M. / Abrahams, J.P.
履歴
登録2002年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/Potassium-Transporting ATPase alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3762
ポリマ－23,8691
非ポリマー5071
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy,target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sodium/Potassium-Transporting ATPase alpha-1 / sodium pump / Na+/K+ ATPase 1


分子量: 23869.131 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 383-595 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET23b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06685, EC: 3.6.3.9
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Stereospecific assignments of valine and leucine methyl groups were obtained by analysis of an 1H,13C CT HSQC spectrum on a 10% 13C-labelled sample

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1ATPase95% H20 5% D20
2ATP95% H20 5% D20
試料状態イオン強度: 20mM Tris-HCl, 0.02% NaN3 / pH: 8.6 / 圧: ambient / 温度: 296 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker DRXBrukerDRX6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1Delaglio, F. et al.解析
XEASY1.3.11Bartels, C. et al.データ解析
CYANA1.0.5http://www.guentert.com構造決定
OPALp1Koradi, R., Billeter, M., Guentert, P.精密化
精密化手法: Automated NOESY cross peak assignment / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy,target function
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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