PDB-1mnq: Thioesterase Domain of Picromycin Polyketide Synthase (PICS TE), ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mnq

タイトル

Thioesterase Domain of Picromycin Polyketide Synthase (PICS TE), pH 8.4

要素

polyketide synthase IV

ポリケチド合成酵素

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

thioesterase (チオエステル加水分解酵素) /

polyketide synthase (ポリケチド合成酵素) / open substrate channel / alpha-beta hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

10-deoxymethynolide synthase / narbonolide synthase / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly /

fatty acid synthase activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups /

phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process /

細胞膜 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces venezuelae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Tsai, S.-C. / Lu, H. / Cane, D.E. / Khosla, C. / Stroud, R.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Insights into channel architecture and substrate specificity from crystal structures of two macrocycle-forming thioesterases of modular polyketide synthases
著者: Tsai, S.-C. / Lu, H. / Cane, D.E. / Khosla, C. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2002年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mnq.cif.gz	120.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mnq.ent.gz	94.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mnq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/1mnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/1mnq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mn6C 1mnaC 1mo2C 1kez 1mo0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mna-d 1mn6-d 2hfj-d 2hfk-d 4f0z-d 5sve-d 6b1x-d 6b1h-d 6n8u-d 1yuc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: polyketide synthase IV

B: polyketide synthase IV

63 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.016, 106.224, 114.356
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	polyketide synthase IV / ポリケチド合成酵素 / Picromycin Polyketide Synthase / PikAIV / type I polyketide synthase PikAIV 分子量: 31485.240 Da / 分子数: 2 / 断片: Thioesterase Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (バクテリア) 遺伝子: picAIV / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZGI2
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

polyketide synthase IV /

ポリケチド合成酵素 / Picromycin Polyketide Synthase / PikAIV / type I polyketide synthase PikAIV

分子量: 31485.240 Da / 分子数: 2 / 断片: Thioesterase Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces venezuelae (バクテリア)
遺伝子: picAIV / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZGI2

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.2 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 30% PEG 4000, 100 mM Tris, 2 mM DTT, 100 mM lithium sulfate, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 298K

結晶化

*PLUS

pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	30 %	PEG4000	1	reservoir
2	100 mM	Tris	1	reservoir	pH8.4
3	2 mM	dithiothreitol	1	reservoir
4	100 mM		1	reservoir		LiSO4
5	10 mg/ml	protein	1	drop
6	10 mM	HEPES	1	drop	pH7.5
7	2 mM	dithiothreitol	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月23日 / 詳細: double crystals
放射	モノクロメーター: double crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 35346 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100
反射	PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 97.4 % / Num. measured all*: 418911
反射シェル	PLUS % possible obs*: 99.6 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
REFMAC	5	精密化
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24834	1858	5 %	RANDOM
R_work	0.21966	-	-	-
all	0.221	35344	-	-
obs	0.22115	35344	99.92 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.323 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.36 Å	0.34 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.37 Å	0.3 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4183	0	0	340	4523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.017	0.021	4297
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.741	1.962	5857
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	1.741	1.962	5857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	4297
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.962	5857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.881	3	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.812	15	691
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.322	0.3	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.289	0.5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.292	0.3	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.214	0.5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.845	1.5	2750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.524	2	4353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.829	3	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.455	4.5	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.287	125
R_work	0.255	2570

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.2 Å / Num. reflection obs: 30344 / σ(F): 0 / R_factor R_free: 0.248 / R_factor R_work: 0.221

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.74

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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