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Yorodumi- PDB-1mo2: Thioesterase Domain from 6-Deoxyerythronolide Synthase (DEBS TE),... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1mo2 | ||||||
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Title | Thioesterase Domain from 6-Deoxyerythronolide Synthase (DEBS TE), pH 8.5 | ||||||
Components | Erythronolide synthase, modules 5 and 6 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Thioesterase / Polyketide Synthase / open substrate channel / TE / PKS / alpha beta hydrolase / 6-deoxyerythronolide / picromycin / pikromycin / erythromycin | ||||||
Function / homology | Function and homology information 6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharopolyspora erythraea (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Tsai, S.-C. / Lu, H. / Cane, D.E. / Khosla, C. / Stroud, R.M. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2002 Title: Insights into channel architecture and substrate specificity from crystal structures of two macrocycle-forming thioesterases of modular polyketide synthases Authors: Tsai, S.-C. / Lu, H. / Cane, D.E. / Khosla, C. / Stroud, R.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1mo2.cif.gz | 107.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1mo2.ent.gz | 84 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1mo2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/1mo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/1mo2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1mn6C 1mnaC 1mnqC 1kezS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31283.898 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Thioesterase Domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharopolyspora erythraea (bacteria) / Gene: ERYA / Plasmid: pET21c / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q03133, 6-deoxyerythronolide-B synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6 Å3/Da / Density % sol: 79.4 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG 400, bicine, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 4 ℃ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 190 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Dec 7, 1999 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→30 Å / Num. obs: 26440 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 350978 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.51 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1KEZ Resolution: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.64 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 3 Å / σ(F): 0 / Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.244 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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