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- PDB-1mnn: Structure of the sporulation specific transcription factor Ndt80 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mnn
タイトルStructure of the sporulation specific transcription factor Ndt80 bound to DNA
要素
  • 5'-D(*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
  • NDT80 protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / IG FOLD / PROTEIN_DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear chromosome / meiotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
NDT80 DNA-binding domain / NDT80 DNA-binding domain / NDT80 DNA-binding domain superfamily / NDT80 / PhoG like DNA-binding family / NDT80 DNA-binding domain profile. / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Meiosis-specific transcription factor NDT80
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lamoureux, J.S. / Stuart, D. / Tsang, R. / Wu, C. / Glover, J.N.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: Structure of the sporulation-specific transcription factor Ndt80 bound to DNA
著者: Lamoureux, J.S. / Stuart, D. / Tsang, R. / Wu, C. / Glover, J.N.
履歴
登録2002年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE These descrepancies exist and are allelic variation as this gene was cloned from a ...SEQUENCE These descrepancies exist and are allelic variation as this gene was cloned from a different strain of yeast than the deposited sequence

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*C)-3'
A: NDT80 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7233
ポリマ－47,7233
非ポリマー00
水6,161342
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.143, 78.887, 161.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*C)-3'


分子量: 4266.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*GP*C)-3'


分子量: 4292.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 NDT80 protein


分子量: 39163.121 Da / 分子数: 1 / Fragment: DNA-BINDING DOMAIN (residues 1-340) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NDT80 / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38830
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 400, calcium chloride, sodium chloride, bis-tris propane, DTT, spermine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2CaCl211
3NaCl11
4bis-tris propane11
5DTT11
6spermine11
7CaCl212
8NaCl12
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
230 %PEG4001reservoir
350 mMBis-Tris-propane1reservoirpH7.0
4100 mM1reservoirNaCl
550 mM1reservoirCaCl2
61.5 mM1reservoir
71 mMdithiothreitol1reservoir
81

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98008 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月1日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→100 Å / Num. all: 88384 / Num. obs: 88384 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 38 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 35
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.493 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / 冗長度: 38 % / Num. measured all: 3338673 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.493

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.283 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20636 4438 5 %RANDOM
Rwork0.19484 ---
all0.19544 83611 --
obs0.19544 83611 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→81.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 568 0 342 3240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5152.1944283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94835851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7133287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.10715473
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.3510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.32499
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.5337
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1060.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.315
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2580.332
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1321.51465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08122406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22931608
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3594.51877
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 317
Rwork0.269 6037
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4854-0.2407-0.20070.39740.42310.4142-0.00980.03210.02540.0330.0009-0.00620.01170.04110.00890.05940.01880.00590.05260.00240.06072.854216.695664.2594
20.9401-0.3372-0.04290.9521-0.78580.9652-0.05650.22480.0647-0.02030.0134-0.1423-0.14660.43480.04310.036-0.04810.03630.21370.01840.066622.176219.45546.6611
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC33 - 33533 - 335
2X-RAY DIFFRACTION2BA1 - 141 - 14
3X-RAY DIFFRACTION2CB1 - 141 - 14
精密化
*PLUS
最低解像度: 100 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.206 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.52
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.42 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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