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- PDB-1mng: STRUCTURE-FUNCTION IN E. COLI IRON SUPEROXIDE DISMUTASE: COMPARIS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mng
タイトルSTRUCTURE-FUNCTION IN E. COLI IRON SUPEROXIDE DISMUTASE: COMPARISONS WITH THE MANGANESE ENZYME FROM T. THERMOPHILUS
要素MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE(SUPEROXIDE ACCEPTOR)
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / : / Superoxide dismutase [Mn]
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lah, M.S. / Dixon, M. / Pattridge, K.A. / Stallings, W.C. / Fee, J.A. / Ludwig, M.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Structure-function in Escherichia coli iron superoxide dismutase: comparisons with the manganese enzyme from Thermus thermophilus.
著者: Lah, M.S. / Dixon, M.M. / Pattridge, K.A. / Stallings, W.C. / Fee, J.A. / Ludwig, M.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Manganese Superoxide Dismutase from Thermus Thermophilus. A Structural Model Refined at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Ludwig, M.L. / Metzger, A.L. / Pattridge, K.A. / Stallings, W.C.
#2: ジャーナル: Molecular Biology of Free Radical Scavenging Systems
年: 1992
タイトル: Iron and Manganese Superoxide Dismutases: Catalytic Inferences from the Structures
著者: Stallings, W.C. / Bull, C. / Fee, J.A. / Lah, M.S. / Ludwig, M.L.
#3: ジャーナル: Free Radical Res.Commun. / 年: 1991
タイトル: Structure-Function Relationships in Fe-and Mn-Superoxide Dismutases
著者: Stallings, W.C. / Metzger, A.L. / Pattridge, K.A. / Fee, J.A. / Ludwig, M.L.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: The Structure of Manganese Superoxide Dismutase from Thermus Thermophilus at 2.4 Angstroms Resolution
著者: Stallings, W.C. / Pattridge, K.A. / Strong, R.K. / Ludwig, M.L.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984
タイトル: Manganese and Iron Superoxide Dismutases are Structural Homologs
著者: Stallings, W.C. / Pattridge, K.A. / Strong, R.K. / Ludwig, M.L.
履歴
登録1994年7月13日処理サイト: BNL
改定 1.01994年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX ASSIGNMENTS OF SECONDARY STRUCTURE ARE BASED ON THE ALGORITHM OF KABSCH AND SANDER, WITH THE ...HELIX ASSIGNMENTS OF SECONDARY STRUCTURE ARE BASED ON THE ALGORITHM OF KABSCH AND SANDER, WITH THE FOLLOWING EXCEPTIONS: HELICES START WITH THE FIRST RESIDUE HAVING A HELICAL HYDROGEN BOND; SUCCESSIVE 3/10 TURNS ARE GIVEN PRIORITY OVER SHORT 3/10 HELICES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE
B: MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4536
ポリマ－46,2592
非ポリマー1944
水3,603200
1
A: MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE
B: MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子

A: MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE
B: MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,90512
ポリマ－92,5174
非ポリマー3888
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7080 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area32850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)146.800, 146.800, 55.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 3 / 2: CIS PROLINE - PRO A 18 / 3: CIS PROLINE - PRO B 3 / 4: CIS PROLINE - PRO B 18
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0569, -0.94416, 0.32454), (-0.94061, -0.05828, -0.33445), (0.33469, -0.32429, -0.88477)
ベクター: 73.13657, 73.14556, -0.32487)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*.

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要素

#1: タンパク質 MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE


分子量: 23129.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: P61503, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.99 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-10 mg/mlprotein1drop
25 mMphosphate1drop
440 %satammonium sulfate1reservoir
50.5 Mpotassium acid phosphate1reservoir
3ammonium sulfate1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 52673 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0
詳細: FOR ATOMS THAT ARE PRESENTED IN ALTERNATE CONFORMATIONS, THE ALTERNATE LOCATION INDICATOR *L* REPRESENTS THOSE ATOMS IN THE CONFORMATION WITH AZIDE LIGANDED AND *U* REPRESENTS THOSE ATOMS IN ...詳細: FOR ATOMS THAT ARE PRESENTED IN ALTERNATE CONFORMATIONS, THE ALTERNATE LOCATION INDICATOR *L* REPRESENTS THOSE ATOMS IN THE CONFORMATION WITH AZIDE LIGANDED AND *U* REPRESENTS THOSE ATOMS IN THE CONFORMATION WITHOUT AZIDE LIGANDED.
Rfactor反射数
Rwork0.179 -
obs0.179 52673
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3282 0 8 200 3490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.984
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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