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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mmm | ||||||
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タイトル | DISTINCT METAL ENVIRONMENT IN IRON-SUBSTITUTED MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE PROVIDES A STRUCTURAL BASIS OF METAL SPECIFICITY | ||||||
![]() | PROTEIN (IRON-SUBSTITUTED MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / IRON-SUBSTITUTED MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to selenium ion / response to acidic pH / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / antioxidant activity / removal of superoxide radicals / manganese ion binding / response to heat / response to oxidative stress ...cellular response to selenium ion / response to acidic pH / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / antioxidant activity / removal of superoxide radicals / manganese ion binding / response to heat / response to oxidative stress / protein homodimerization activity / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Edwards, R.A. / Whittaker, M.M. / Whittaker, J.W. / Jameson, G.B. / Baker, E.N. | ||||||
![]() | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998 タイトル: Distinct Metal Environment in Fe-Substituted Manganese Superoxide Dismutase Provides a Structural Basis of Metal Specificity 著者: Edwards, R.A. / Whittaker, M.M. / Whittaker, J.W. / Jameson, G.B. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1vewS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.729903, 0.132591, 0.670567), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22996.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.75 / 詳細: pH 8.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Edwards, R.A., (1998) J. Biol. Inorg. Biol., 3, 161. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月15日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 20726 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 82.6 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.09 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1VEW 解像度: 2.2→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→100 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3C / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 100 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.3 |