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- PDB-1mml: MECHANISTIC IMPLICATIONS FROM THE STRUCTURE OF A CATALYTIC FRAGME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mml
タイトルMECHANISTIC IMPLICATIONS FROM THE STRUCTURE OF A CATALYTIC FRAGMENT OF MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE
要素MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE
キーワードREVERSE TRANSCRIPTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / structural constituent of virion / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / : / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 ...Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / : / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Georgiadis, M.M. / Jessen, S.M. / Ogata, C.M. / Telesnitsky, A. / Goff, S.P. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Mechanistic implications from the structure of a catalytic fragment of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase.
著者: Georgiadis, M.M. / Jessen, S.M. / Ogata, C.M. / Telesnitsky, A. / Goff, S.P. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録1995年7月18日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9451
ポリマ－29,9451
非ポリマー00
水2,252125
1
A: MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE

A: MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8912
ポリマ－59,8912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)84.100, 84.100, 74.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 MMLV REVERSE TRANSCRIPTASE


分子量: 29945.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
属: Gammaretrovirus / 生物種: Murine leukemia virus / 遺伝子: MMLV-RT / プラスミド: PRT 107-3 / 遺伝子 (発現宿主): MMLV-RT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03355
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used as seeds
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 mg/mlprotein1drop
250 mMMES1drop
30.25 M1dropNaCl
41 mMdithiothreitol1drop
550 mMTris1reservoir
60.2 M1reservoirNaH4Cl
720 %PEG40001reservoir

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年8月28日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.038
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 27086 / % possible obs: 96.3 % / Num. measured all: 63951 / Rmerge(I) obs: 0.038

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.257 -
obs0.198 27008
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2007 0 0 125 2132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d00.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d00.032
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d00.047
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.21.299
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.22.224
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.13.119
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.94.908
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr00.008
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.10.144
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd00
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.10.18
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.10.16
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.54.561
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1919.71
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor3030.06
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.197 / Rfactor Rfree: 0.259
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.03
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0470.05
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1440.15
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.2991.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.1192.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.2242
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.9083

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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