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- PDB-1mli: CRYSTAL STRUCTURE OF MUCONOLACTONE ISOMERASE AT 3.3 ANGSTROMS RES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mli
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MUCONOLACTONE ISOMERASE AT 3.3 ANGSTROMS RESOLUTION
要素MUCONOLACTONE ISOMERASE
キーワードINTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE
機能・相同性muconolactone Delta-isomerase / muconolactone delta-isomerase activity / Muconolactone delta-isomerase / Muconolactone isomerase domain / Muconolactone delta-isomerase / beta-ketoadipate pathway / Dimeric alpha-beta barrel / Muconolactone Delta-isomerase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Katti, S.K. / Katz, B.A. / Wyckoff, H.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystal structure of muconolactone isomerase at 3.3 A resolution.
著者: Katti, S.K. / Katz, B.A. / Wyckoff, H.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Low Resolution Crystal Structure of Muconolactone Isomerase. A Decamer with a 5-Fold Symmetry Axis
著者: Katz, B.A. / Ollis, D. / Wyckoff, H.W.
履歴
登録1989年11月2日処理サイト: BNL
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MUCONOLACTONE ISOMERASE
B: MUCONOLACTONE ISOMERASE
C: MUCONOLACTONE ISOMERASE
D: MUCONOLACTONE ISOMERASE
E: MUCONOLACTONE ISOMERASE
F: MUCONOLACTONE ISOMERASE
G: MUCONOLACTONE ISOMERASE
H: MUCONOLACTONE ISOMERASE
I: MUCONOLACTONE ISOMERASE
J: MUCONOLACTONE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,75810
ポリマ－111,75810
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.840, 105.630, 77.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999951, -0.007558, -0.006425), (-0.007558, 0.160956, 0.986933), (-0.006425, 0.986933, -0.161005)32.628, -18.352, 21.838
2given(0.99998, -0.002699, 0.005641), (0.006199, 0.30903, -0.951032), (0.000823, 0.951049, 0.30904)-0.107, 18.74, 12.67
詳細MUCONOLACTONE ISOMERASE IS A DECAMER WITH A CLOSED 52 POINT NONCRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. THE FIVE-FOLD AXIS IS ALMOST ALONG THE A-AXIS. THE TWO-FOLD AXES ARE IN A PLANE PERPENDICULAR TO THE FIVE-FOLD DIRECTION. THE MOLECULAR CENTER IS AT (16.250, 0.692, 19.308). THE TWO-FOLD SYMMETRY OPERATOR IS PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW AND THE FIVE-FOLD SYMMETRY OPERATOR IS PRESENTED ON *MTRIX 2* RECORDS BELOW. THE FOLLOWING PROCEDURE CAN BE USED TO GENERATE COORDINATES OF A DECAMER FROM THE MONOMER COORDINATES PRESENTED IN THIS ENTRY. 1. APPLY THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX 1* RECORDS BELOW TO THE MONOMER IN THIS ENTRY TO GENERATE A TWO-FOLD RELATED MONOMER. 2. APPLY THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX 2* RECORDS BELOW TO THE DIMER GENERATED IN STEP 1 TO GENERATE A FIVE-FOLD RELATED DIMER. 3. PERFORM STEP 2 THREE MORE TIMES, EACH TIME APPLYING THE TRANSFORMATION TO THE NEWLY-GENERATED DIMER. THIS WILL YIELD A TOTAL OF FIVE DIMERS (TEN MONOMERS).

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要素

#1: タンパク質
MUCONOLACTONE ISOMERASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11175.833 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P00948, muconolactone Delta-isomerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 %satammonium sulfate1drop
38 %satsodium sulfate1reservoir
2MES1drop

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / Num. obs: 14090 / Rmerge(I) obs: 0.082

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解析

精密化最高解像度: 3.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数960 0 0 0 960
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 9329 / Num. reflection obs: 14027 / Rfactor obs: 0.39
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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