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万見
- PDB-1ml7: Crystal structure of nitrophorin 4 complexed with 4-iodopyrazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ml7
タイトルCrystal structure of nitrophorin 4 complexed with 4-iodopyrazole
要素nitrophorin 4
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / NO carrier / ferric heme / iodopyrazole / lipocalin / beta barrel / conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrophorin / Nitrophorin domain / Nitrophorin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HEV / 4-IODOPYRAZOLE / Nitrophorin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodnius prolixus (カメムシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Berry, R.E. / Ding, X.D. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. / Walker, F.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2004
タイトル: Axial ligand complexes of the Rhodnius nitrophorins: reduction potentials, binding constants, EPR spectra, and structures of the 4-iodopyrazole and imidazole complexes of NP4
著者: Berry, R.E. / Ding, X.D. / Shokhireva, T.K. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. / Walker, F.A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Ligand-Induced Heme Ruffling and Bent NO Geometry in Ultra-High-Resolution Structures of Nitophorin 4
著者: Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Qiu, Y. / Shelnutt, J.A. / Walker, F.A. / Montfort, W.R.
履歴
登録2002年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年12月2日Group: Atomic model
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nitrophorin 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3214
ポリマ－20,2931
非ポリマー1,0283
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.404, 42.763, 52.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.05, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-187-

PYZ

21A-207-

HOH

31A-208-

HOH

41A-266-

HOH

51A-432-

HOH

61A-446-

HOH

詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 nitrophorin 4 / NP4


分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q94734
#2: 化合物 ChemComp-HEV / 5,8-DIMETHYL-1,2,3,4-TETRAVINYLPORPHINE-6,7-DIPROPIONIC ACID FERROUS COMPLEX / 1,3-DEDIMETHYL-1,3-DIVINYL HEME


分子量: 640.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PYZ / 4-IODOPYRAZOLE


分子量: 193.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H3IN2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.8 Mammonium phosphate1reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月17日
放射モノクロメーター: Cyclindrically bent triangular Si(111) asymmetric cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→22 Å / Num. all: 42458 / Num. obs: 42458 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 7.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique all: 3947 / % possible all: 92
反射
*PLUS
最低解像度: 21 Å / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 219394
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
CrystalClearデータ削減
SHELXS位相決定
SHELXL-97精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1IKJ

1ikj


解像度: 1.25→20.4 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 2087 5 %random
Rwork0.142 ---
all0.145 42458 --
obs0.145 42458 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→20.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1428 0 57 244 1729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.1
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.1
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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