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- PDB-1mjp: METHIONINE APOREPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEXED TO THE MINIMAL ME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mjp
タイトルMETHIONINE APOREPRESSOR MUTANT (Q44K) COMPLEXED TO THE MINIMAL MET CONSENSUS OPERATOR
要素
  • (CONSENSUS OPERATOR DUPLEX) x 2
  • METHIONINE REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA) / METJ / METHIONINE REPRESSOR / SHEET-HELIX-HELIX / SAM / S-ADENOSYL METHIONINE / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine biosynthetic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
MET Apo-Repressor, subunit A / MET Apo-Repressor, subunit A / Methionine repressor MetJ / Methionine repressor MetJ domain superfamily / Met Apo-repressor, MetJ / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Met repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER METHODS / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Garvie, C.W. / Phillips, S.E.V.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Direct and indirect readout in mutant Met repressor-operator complexes.
著者: Garvie, C.W. / Phillips, S.E.
履歴
登録1998年1月29日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月2日Group: Advisory / Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
D: CONSENSUS OPERATOR DUPLEX
A: METHIONINE REPRESSOR
B: METHIONINE REPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8324
ポリマ－29,8324
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.390, 118.390, 83.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: DNA鎖 CONSENSUS OPERATOR DUPLEX


分子量: 3035.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 CONSENSUS OPERATOR DUPLEX


分子量: 2739.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 METHIONINE REPRESSOR


分子量: 12028.607 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q44K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: METJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8U6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN (10MG/ML) + DNA (4MG/ML) WAS CRYSTALLISED FROM 40% MPD, 100MM SODIUM CACODYLATE BUFFER, PH 7.0.
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PROTEIN11
2DNA11
3MPD11
4SODIUM CACODYLATE11
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
24 mg/ml1drop
31.5 mg/mlSAM1drop
420 mM1dropMgCl2
520 mM1dropCaCl2
610 mMsodium cacodylate1drop
720 mMsodium cacodylate1reservoir
828-38 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 19851 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 9.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.231 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
X-PLOR3.86精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER METHODS
開始モデル: PDB ENTRY 1CMA

1cma


解像度: 3.4→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 480 9.9 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 4864 95.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 72.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1690 382 0 0 2072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.053 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 43 13.4 %
Rwork0.313 279 -
obs--94.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PARAMETER.ELEMENTSTOPOLOGY.ELEMENTS
X-RAY DIFFRACTION4PARAMETER.ELEMENTSTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.86 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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