PDB-1miv: Crystal structure of Bacillus stearothermophilus CCA-adding enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1miv

タイトル

Crystal structure of Bacillus stearothermophilus CCA-adding enzyme

要素

tRNA CCA-adding enzyme

キーワード

TRANSLATION / TRANSFERASE / CCA-adding enzyme / tRNA nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Li, F. / Xiong, Y. / Wang, J. / Cho, H.D. / Weiner, A.M. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of the Bacillus stearothermophilus CCA-adding enzyme and its complexes with ATP or CTP
著者: Li, F. / Xiong, Y. / Wang, J. / Cho, H.D. / Tomita, K. / Weiner, A.M. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2002年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1miv.cif.gz	160.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1miv.ent.gz	135.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1miv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1miv_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1miv_full_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示
XML形式データ	1miv_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	1miv_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/1miv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/1miv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1miwC 1miyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1miy-d 1miw-d 3rqg-4 3nag-1 5dsg-d 3u2s-d 3rqf-4 3rqe-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA CCA-adding enzyme

B: tRNA CCA-adding enzyme

ヘテロ分子

91.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.861, 105.861, 183.658
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Cell setting	trigonal
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A B
2	1	A B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / End label comp-ID: CYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 404 / Label seq-ID: 1 - 404

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	tRNA CCA-adding enzyme 分子量: 45902.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIB1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.97 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 7.5 / 詳細: NaCl, Tris, MgCl2, pH 7.5, MICRODIALYSIS at 277K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	8 mg/ml	protein	1	1
2	50 mM	Tris	1	2	pH7.5
3	200 mM		1	2		NaCl
4	10 mM		1	2		MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 15392 / % possible obs: 99.46 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 19
反射	PLUS 最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99.4 % / Num. measured all*: 124736
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.4 % / Mean I/σ(I) obs*: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.1.17	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.818 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.78 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.32779	1547	10.1 %	RANDOM
R_work	0.28862	-	-	-
all	0.29256	-	-	-
obs	0.29256	13845	99.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.988 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.43 Å²	-1.22 Å²	0 Å²
2-	-	-2.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6226	0	2	36	6264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	6362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.957	8612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.373	5	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.282	0.2	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.284	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.109	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

数: 3132 / タイプ: tight positional / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.683 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.361	206
R_work	0.344	1950

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5036	2.6807	1.0646	3.8402	-1.9836	15.5503	-0.2881	-0.4926	0.7691	0.0906	0.4346	-0.1498	0.1449	-0.5445	-0.1465	0.6682	-0.2259	-0.1305	0.9952	0.1643	0.8707	2.6252	22.5784	41.348
2	10.9618	3.7062	-2.4654	1.926	-1.856	3.7073	-0.272	0.4304	0.9395	-0.5505	0.6925	0.5226	-0.9729	-0.8059	-0.4206	1.2284	-0.3996	-0.0899	0.6572	0.4544	0.7123	15.6911	38.5477	17.465
3	15.8029	9.2926	1.5866	24.368	6.2275	8.5117	-0.0899	0.6268	0.5706	-1.2026	0.1669	0.1884	1.038	0.5957	-0.0769	0.9504	-0.5664	0.1281	0.6193	0.1829	0.402	55.0731	52.2075	15.4254
4	4.1568	-1.0335	0.4165	7.6022	0.817	13.2176	0.0509	0.291	0.2737	-0.4597	-0.2537	-0.5613	-1.3642	0.5183	0.2028	0.8148	-0.2292	-0.0879	1.3247	0.2501	1.0941	31.6138	38.4066	50.4762
5	4.8439	2.1331	-2.5943	5.0914	-2.0901	4.9143	-0.0285	0.1552	0.7166	-0.0894	0.0649	0.2719	-1.479	-0.3935	-0.0364	0.7969	0.5062	-0.2889	1.0174	-0.0678	0.587	11.862	34.8131	74.8208
6	20.6639	4.5012	3.7204	9.2157	-0.1536	8.3933	-0.2434	0.2622	0.9168	0.6153	0.3572	0.3013	-0.2861	-0.5533	-0.1139	0.1983	0.3388	-0.0747	1.3631	-0.2412	0.8509	-19.9052	7.8253	77.0798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 146	1 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	147 - 340	147 - 340
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	341 - 404	341 - 404
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 146	1 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	147 - 340	147 - 340
11	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	341 - 404	341 - 404

精密化

*PLUS

最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection R_free: 10 % / R_factor R_free: 0.327 / R_factor R_work: 0.288

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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関連情報:EMDBヘッダ

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