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万見
- PDB-1mhz: METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mhz
タイトルMETHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE
要素(METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / MONOOXYGENASE / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / ONE-CARBON METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


methane metabolic process / methane monooxygenase (soluble) / methane monooxygenase NADH activity / methane monooxygenase NADPH activity / : / one-carbon metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase ...Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Monooxygenase / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Methane monooxygenase component A alpha chain / Methane monooxygenase component A beta chain / Methane monooxygenase component A gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus trichosporium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Elango, N. / Radhakrishnan, R. / Froland, W.A. / Waller, B.J. / Earhart, C.A. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the hydroxylase component of methane monooxygenase from Methylosinus trichosporium OB3b
著者: Elango, N. / Radhakrishnan, R. / Froland, W.A. / Wallar, B.J. / Earhart, C.A. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H.
履歴
登録1996年10月21日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE
D: METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE
G: METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,1495
ポリマ－124,0373
非ポリマー1122
水724
1
B: METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE
D: METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE
G: METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE
ヘテロ分子

B: METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE
D: METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE
G: METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,29810
ポリマ－248,0746
非ポリマー2234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_586x,-y+3,-z+11
Buried area39750 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area61170 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)293.380, 64.010, 143.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE


分子量: 45165.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium (バクテリア)
参照: UniProt: P27354, methane monooxygenase (soluble)
#2: タンパク質 METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE


分子量: 59513.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium (バクテリア)
参照: UniProt: P27353, methane monooxygenase (soluble)
#3: タンパク質 METHANE MONOOXYGENASE HYDROXYLASE


分子量: 19358.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylosinus trichosporium (バクテリア)
参照: UniProt: P27355, methane monooxygenase (soluble)
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化詳細: COMPONENT B WAS PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION. SEE JRNL REFERENCE FOR DETAILS.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: used to seeding, Froland, W.A., (1994) J. Mol. Biol., 236, 379.
PH range low: 7.8 / PH range high: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5-3.5 mg/mlMMOH1drop
250 mMsodium phosphate/citrate1drop
39-11 %PEG20001drop
418-22 %PEG20001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年3月18日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→5 Å / Num. obs: 33478 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.18
反射
*PLUS
Num. measured all: 177040

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MHY

1mhy


解像度: 2.7→5 Å / σ(F): 2
詳細: BOTH MMOH AND COMPONENT B WERE PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION. HOWEVER THE ELECTRON DENSITY MAP DID NOT SHOW ANY FEATURE TO THE EFFECT OF COMPONENT B BEING PRESENT IN THE CRYSTAL. SEE JRNL REFERENCE FOR DETAILS.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.152 --
obs0.152 22264 89.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 22.17 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8597 0 2 4 8603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.39
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.54
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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