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万見
- PDB-1mhq: Crystal Structure Of Human GGA2 VHS Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mhq
タイトルCrystal Structure Of Human GGA2 VHS Domain
要素ADP-ribosylation factor binding protein GGA2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / SUPER HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi to plasma membrane transport / Golgi to plasma membrane protein transport / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / clathrin-coated vesicle / phosphatidylinositol binding / ubiquitin binding / intracellular protein transport / trans-Golgi network / small GTPase binding ...Golgi to plasma membrane transport / Golgi to plasma membrane protein transport / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / clathrin-coated vesicle / phosphatidylinositol binding / ubiquitin binding / intracellular protein transport / trans-Golgi network / small GTPase binding / early endosome membrane / endosome membrane / Amyloid fiber formation / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3 / N-terminal extension of GAT domain / N-terminal extension of GAT domain / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. ...ADP-ribosylation factor-binding protein GGA3 / N-terminal extension of GAT domain / N-terminal extension of GAT domain / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Gamma-adaptin ear (GAE) domain / Gamma-adaptin ear (GAE) domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor-binding protein GGA2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhu, G. / Zhang, X.C.
引用ジャーナル: FEBS LETT. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of GGA2 VHS domain and its implication in plasticity in the ligand binding pocket
著者: Zhu, G. / He, X. / Terzyan, S. / Zhai, P. / Tang, J. / Zhang, X.C.
履歴
登録2002年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年11月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor binding protein GGA2
B: ADP-ribosylation factor binding protein GGA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2162
ポリマ－34,2162
非ポリマー00
水1,874104
1
A: ADP-ribosylation factor binding protein GGA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1081
ポリマ－17,1081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-ribosylation factor binding protein GGA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1081
ポリマ－17,1081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.860, 68.110, 74.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor binding protein GGA2 / Golgi-localized / gamma ear-containing / ARF-binding protein 2


分子量: 17107.803 Da / 分子数: 2 / 断片: VHS Domain (N-Terminal Domain) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJY4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 3350, iso-propanol, beta-mercaptoethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 %(w/v)PEG33501drop
25 %isopropanol1drop
30.1 MHEPES1droppH7.5
420 %(w/v)PEG33501reservoir
55 %isopropanol1reservoir
60.1 MHEPES1reservoirpH7.5
70.1 %(v/v)beta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月24日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 16106 / Num. obs: 15227 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 35.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1214 / % possible all: 74.7
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Num. obs: 16016 / % possible obs: 95.5 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74.7 % / Num. unique obs: 1214 / Rmerge(I) obs: 0.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→18.51 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.267 737 RANDOM
Rwork0.223 --
all0.224 16016 -
obs0.224 15117 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→18.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2329 0 0 104 2433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.06
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.2521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.7312
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.3662
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.1732.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.032
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 88 -
Rwork0.287 --
obs-1797 69.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.06
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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