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万見
- PDB-1mhk: Crystal Structure Analysis of a 26mer RNA molecule, representing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mhk
タイトルCrystal Structure Analysis of a 26mer RNA molecule, representing a new RNA motif, the hook-turn
要素
  • RNA 12-mer BCh12
  • RNA 14-mer BCh12
キーワードRNA / helix / 180 degree turn
機能・相同性BROMIDE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Szep, S. / Wang, J. / Moore, P.B.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of a 26-nucleotide RNA containing a hook-turn
著者: Szep, S. / Wang, J. / Moore, P.B.
履歴
登録2002年8月20日登録サイト: NDB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: RNA 12-mer BCh12
L: RNA 14-mer BCh12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3703
ポリマ－8,2902
非ポリマー801
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.169, 62.510, 50.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.76, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11S-16-

HOH

21L-19-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 RNA 12-mer BCh12


分子量: 3810.352 Da / 分子数: 1 / 断片: fragment of 5S rRNA Loop E / 由来タイプ: 合成
詳細: 5S rRNA Loop E region, sequence from Chromatium minutissimum
#2: RNA鎖 RNA 14-mer BCh12


分子量: 4479.691 Da / 分子数: 1 / 断片: fragment of 5S rRNA Loop E / 由来タイプ: 合成
詳細: 5S rRNA Loop E region, sequence from Chromatium minutissimum
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, magnesium chloride, spermidine, tris-hydrogen chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2MgCl211
3spermidine11
4tris-HCl11
5(NH4)2SO412
6MgCl212
7tris-HCl12
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID化学式詳細
11.8 Mammonium sulfate1
25 mM1MgCl2
31 mM1
450 mMTris-HCl1pH7.5
51
61
71

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11931
21931
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンNSLS X2520.91939
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE2001年1月31日focusing mirrors
CUSTOM-MADE2CCD2001年4月13日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1focusing mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.919391
反射解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 3220 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 17.69 % / Biso Wilson estimate: 57.5 Å2 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 10.35
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å / 冗長度: 4.59 % / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique all: 307 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 3175 / Num. measured all: 56979 / Rmerge(I) obs: 0.128
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 % / Rmerge(I) obs: 0.342

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6mer A-form RNA helix

6mer


解像度: 2.5→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: CNS standard parameter files:dna_rnarep.param
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 252 8.4 %RANDOM
Rwork0.2391 ---
obs0.243 3011 93.6 %-
all-3217 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.1757 Å2 / ksol: 0.402743 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.17 Å20 Å220.29 Å2
2--5.29 Å20 Å2
3----11.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 548 1 21 570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d14
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.46
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 31 7.4 %
Rwork0.404 359 -
obs--78.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA_REP-BR2.PARAMDNA-RNA-BR2.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.277 / Rfactor Rwork: 0.243
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg14
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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