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- PDB-1mhh: Structure of P. magnus protein L mutant bound to a mouse Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mhh
タイトルStructure of P. magnus protein L mutant bound to a mouse Fab
要素
  • Fab, heavy chain
  • Fab, light chain
  • protein L domain C
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody-antigen complex / B cell superantigen / Immunoglobulin binding protein
機能・相同性Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Finegoldia magna (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Graille, M. / Stura, E.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Evidence for plasticity and structural mimicry at the immunoglobulin light chain-protein L interface
著者: Graille, M. / Harrison, S. / Crump, M.P. / Findlow, S.C. / Housden, N.G. / Muller, B.H. / Battail-Poirot, N. / Sibai, G. / Sutton, B.J. / Taussig, M.J. / Jolivet-Reynaud, C. / Gore, M.G. / Stura, E.A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Complex between Peptostreptococcus Magnus Protein L and a Human Antibody Reveals Structural Convergence in the Interaction Modes of Fab Binding Modes
著者: Graille, M. / Stura, E.A. / Housden, N.G. / Beckingham, J.A. / Bottomley, S.P. / Beale, D. / Taussig, M.J. / Sutton, B.J. / Gore, M.G. / Charbonnier, J.-B.
履歴
登録2002年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年1月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation_author / struct / Item: _citation_author.name / _struct.title
改定 2.02025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab, light chain
B: Fab, heavy chain
C: Fab, light chain
D: Fab, heavy chain
E: protein L domain C
F: protein L domain C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,5508
ポリマ－109,4266
非ポリマー1242
水13,313739
1
A: Fab, light chain
B: Fab, heavy chain
E: protein L domain C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7754
ポリマ－54,7133
非ポリマー621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fab, light chain
D: Fab, heavy chain
F: protein L domain C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7754
ポリマ－54,7133
非ポリマー621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.486, 100.957, 149.147
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab, light chain


分子量: 24391.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab, heavy chain


分子量: 23406.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 protein L domain C


分子量: 6915.743 Da / 分子数: 2 / Mutation: D855A/Y864W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 株: ATCC 29328 / プラスミド: pKK233-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM103
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 10%(wt/wt) MPEG 5K, 100mM sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 mg/mlFab1drop
216 mg/mlPpL1drop
310 %(w/w)MPEG50001reservoir
4100 mMsodium acetate1reservoirpH4.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-210.934
シンクロトロンESRF ID14-420.91842
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2001年2月18日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
20.918421
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 69885 / Num. obs: 69723 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.77 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.86 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4986 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 85
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85 % / Rmerge(I) obs: 0.417

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3138 -RANDOM
Rwork0.197 ---
all-69751 --
obs-62052 89 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.08 Å20 Å20 Å2
2--3.596 Å20 Å2
3---5.484 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7649 0 8 739 8396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.296
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.11 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2349 54
Rwork0.2244 -
obs-971
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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