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万見
- PDB-1mh9: Crystal Structure Analysis of deoxyribonucleotidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mh9
タイトルCrystal Structure Analysis of deoxyribonucleotidase
要素deoxyribonucleotidase
キーワードHYDROLASE / Rossmann fold / 4-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleotide catabolic process / nucleotidase activity / dUMP catabolic process / Pyrimidine catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / 5'-nucleotidase activity / DNA replication / mitochondrial matrix / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rinaldo-Matthis, A. / Rampazzo, C. / Reichard, P. / Bianchi, V. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of a human mitochondrial deoxyribonucleotidase.
著者: Rinaldo-Matthis, A. / Rampazzo, C. / Reichard, P. / Bianchi, V. / Nordlund, P.
履歴
登録2002年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: deoxyribonucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9603
ポリマ－22,8411
非ポリマー1192
水6,467359
1
A: deoxyribonucleotidase
ヘテロ分子

A: deoxyribonucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9216
ポリマ－45,6822
非ポリマー2394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)73.965, 73.965, 105.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: (-Y,-X,-Z+1/2) dx= 1 dy= 1 dz= 0 distance= 2.746

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要素

#1: タンパク質 deoxyribonucleotidase / mitochondrial 5'(3')-deoxyribonucleotidase


分子量: 22841.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NPB1, 5'-nucleotidase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: PEG 8000, potassium phosphate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.5
220 %(v/v)glycerol1drop
32 mMdithiothreitol1drop
41 mMEDTA1drop
575 mM1dropNaCl
613 mg/mlprotein1drop
715-25 %(w/v)PEG80001reservoir
80.05 M1reservoirpH5.3K2H2PO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月3日
放射モノクロメーター: Si (111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 27389 / Num. obs: 27898 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.346

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2046240.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1375 5 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs0.159 27389 98.7 %-
all-264817 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.8295 Å2 / ksol: 0.387786 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1598 0 6 359 1963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.092.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 189 4.7 %
Rwork0.178 3838 -
obs--88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 19.64 Å / Num. reflection obs: 26015 / Rfactor obs: 0.159 / Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.16
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.45
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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