ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 精密化 | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2046240.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.191 | 1375 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.159 | - | - | - |
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obs | 0.159 | 27389 | 98.7 % | - |
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all | - | 264817 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.8295 Å2 / ksol: 0.387786 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.8 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.2 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.2 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.39 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.2 Å | 0.15 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.15 Å | 0.09 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.64 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1598 | 0 | 6 | 359 | 1963 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.025 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg2.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d24.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.45 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it4.05 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it4.82 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it6.84 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it9.09 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.235 | 189 | 4.7 % |
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Rwork | 0.178 | 3838 | - |
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obs | - | - | 88.8 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | DNA-RNA_REP.PARAM | DNA-RNA.TOP | X-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | ION.PARAMION.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 19.64 Å / Num. reflection obs: 26015 / Rfactor obs: 0.159 / Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.16 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.02 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg2.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg24.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.45 | | | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.235 / Rfactor Rwork: 0.178 |
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