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万見
- PDB-1mg8: NMR structure of ubiquitin-like domain in murine Parkin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mg8
タイトルNMR structure of ubiquitin-like domain in murine Parkin
要素Parkin
キーワードAPOPTOSIS / parkinson disease / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation protein catabolic process at presynapse / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / Josephin domain DUBs / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Regulation of necroptotic cell death / negative regulation of exosomal secretion ...positive regulation of neurotransmitter uptake / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation protein catabolic process at presynapse / mitochondrion-derived vesicle / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / negative regulation of intralumenal vesicle formation / Josephin domain DUBs / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Regulation of necroptotic cell death / negative regulation of exosomal secretion / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / cellular response to hydrogen sulfide / Aggrephagy / type 2 mitophagy / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / negative regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of mitochondrial fusion / free ubiquitin chain polymerization / negative regulation of mitochondrial fusion / positive regulation of protein linear polyubiquitination / RBR-type E3 ubiquitin transferase / F-box domain binding / negative regulation by host of viral genome replication / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / mitochondrion localization / positive regulation of mitophagy / regulation of cellular response to oxidative stress / protein metabolic process / regulation of neurotransmitter secretion / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of dopamine metabolic process / dopaminergic synapse / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cellular response to toxic substance / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cellular response to L-glutamate / protein K6-linked ubiquitination / norepinephrine metabolic process / protein localization to mitochondrion / positive regulation of protein localization to membrane / negative regulation of JNK cascade / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synaptic transmission, dopaminergic / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial fission / protein K11-linked ubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme binding / aggresome assembly / regulation of mitochondrion organization / aggresome / positive regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of synaptic vesicle endocytosis / autophagy of mitochondrion / intracellular vesicle / positive regulation of mitochondrial fission / dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of ATP biosynthetic process / ubiquitin-specific protease binding / startle response / dopamine metabolic process / protein monoubiquitination / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cullin family protein binding / phospholipase binding / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / protein K63-linked ubiquitination / mitophagy / negative regulation of mitochondrial fission / protein autoubiquitination / negative regulation of insulin secretion / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ubiquitin ligase complex / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to endoplasmic reticulum stress / Hsp70 protein binding / tubulin binding / negative regulation of protein phosphorylation / adult locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / learning / ubiquitin binding / regulation of autophagy / synaptic transmission, glutamatergic / mitochondrion organization / locomotory behavior / G protein-coupled receptor binding / PDZ domain binding / protein destabilization / modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein catabolic process / kinase binding / terminal bouton / beta-catenin binding / histone deacetylase binding / synaptic vesicle membrane
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / E3 ubiquitin ligase RBR family ...E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / : / : / : / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / IBR domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Tashiro, M. / Okubo, S. / Shimotakahara, S. / Hatanaka, H. / Yasuda, H. / Kainosho, M. / Yokoyama, S. / Shindo, H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2003
タイトル: NMR structure of ubiquitin-like domain in PARKIN: Gene product of familial Parkinson's disease.
著者: Tashiro, M. / Okubo, S. / Shimotakahara, S. / Hatanaka, H. / Yasuda, H. / Kainosho, M. / Yokoyama, S. / Shindo, H.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Mutations in the parkin gene causes autosomal recessive juvenile parkinsonism
著者: Kitada, T. / Asakawa, S. / Hattori, N. / Matsumine, H. / Yamamura, Y. / Minosima, S. / Yokochi, M. / Mizuno, Y. / Shimizu, N.
履歴
登録2002年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Parkin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9181
ポリマ－8,9181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Parkin


分子量: 8918.294 Da / 分子数: 1 / 断片: ubiquitin-like domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET28b / 株: BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9WVS6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細内容: 1mM ubiquitin-like domain U-15N,13C; 25mM acetate buffer NA, 2mM dithiothreitol-d10
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称分類
X-PLOR精密化
NMRPipe解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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