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万見
- PDB-1mg3: MUTATION OF ALPHA PHE55 OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALTERS THE R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mg3
タイトルMUTATION OF ALPHA PHE55 OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALTERS THE REORGANIZATION ENERGY AND ELECTRONIC COUPLING FOR ITS ELECTRON TRANSFER REACTION WITH AMICYANIN
要素
  • (Methylamine dehydrogenase, ...) x 2
  • Amicyanin
  • CYTOCHROME C-L
キーワードOXIDOREDUCTASE / electron transfer / methylamine dehydrogenase / cytochrome / blue copper protein / active site mutant / phenylhydrazine adduct.
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards cell periphery / methanol metabolic process / methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / host cell / outer membrane-bounded periplasmic space / host cell endosome ...microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards cell periphery / methanol metabolic process / methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / host cell / outer membrane-bounded periplasmic space / host cell endosome / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Poxvirus F12L / Poxvirus F12L protein / Cytochrome cL / Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain ...Poxvirus F12L / Poxvirus F12L protein / Cytochrome cL / Amicyanin, Paracoccus/Methylobacterium / Amicyanin / : / Methylamine dehydrogenase light chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Amine dehydrogenase heavy chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain, C-terminal domain / Amine dehydrogenase light chain / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain superfamily / Methylamine dehydrogenase, L chain / Methylamine dehydrogenase heavy chain (MADH) / Electron Transport Ethylamine Dehydrogenase / Methylamine/Aralkylamine dehydrogenase light chain / Amicyanin/Pseudoazurin / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Cupredoxins - blue copper proteins / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Ribonuclease H-like superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HEME C / PHOSPHATE ION / Amicyanin / Methylamine dehydrogenase light chain / Protein OPG056 / Methylamine dehydrogenase heavy chain / Cytochrome c-L
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / refined directly / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sun, D. / Chen, Z.W. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: MUTATION OF ALPHA PHE55 OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALTERS THE REORGANIZATION ENERGY AND ELECTRONIC COUPLING FOR ITS ELECTRON TRANSFER REACTION WITH AMICYANIN
著者: Sun, D. / Chen, Z.W. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Structure of an electron transfer complex: methylamine dehydrogenase, amicyanin, and cytochrome c551i
著者: Chen, L. / Durley, R. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L.
履歴
登録2002年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE The authors maintain that the sequence in the sequence database is wrong.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylamine dehydrogenase, heavy chain
B: Methylamine dehydrogenase, light chain
C: Amicyanin
D: CYTOCHROME C-L
E: Methylamine dehydrogenase, heavy chain
F: Methylamine dehydrogenase, light chain
G: Amicyanin
H: CYTOCHROME C-L
I: Methylamine dehydrogenase, heavy chain
J: Methylamine dehydrogenase, light chain
K: Amicyanin
L: CYTOCHROME C-L
M: Methylamine dehydrogenase, heavy chain
N: Methylamine dehydrogenase, light chain
O: Amicyanin
P: CYTOCHROME C-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,82136
ポリマ－342,24116
非ポリマー3,58020
水15,169842
1
A: Methylamine dehydrogenase, heavy chain
B: Methylamine dehydrogenase, light chain
C: Amicyanin
D: CYTOCHROME C-L
E: Methylamine dehydrogenase, heavy chain
F: Methylamine dehydrogenase, light chain
G: Amicyanin
H: CYTOCHROME C-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,91018
ポリマ－171,1208
非ポリマー1,79010
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Methylamine dehydrogenase, heavy chain
J: Methylamine dehydrogenase, light chain
K: Amicyanin
L: CYTOCHROME C-L
M: Methylamine dehydrogenase, heavy chain
N: Methylamine dehydrogenase, light chain
O: Amicyanin
P: CYTOCHROME C-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,91018
ポリマ－171,1208
非ポリマー1,79010
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.520, 188.372, 127.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細two heterooctameric molecules per asymmetric unit

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 CGKODHLP

#3: タンパク質
Amicyanin


分子量: 11505.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P22364
#4: タンパク質
CYTOCHROME C-L


分子量: 17094.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P29889, UniProt: P29899*PLUS

-
Methylamine dehydrogenase, ... / 抗体 , 2種, 8分子 AEIMBFJN

#1: タンパク質
Methylamine dehydrogenase, heavy chain


分子量: 42673.492 Da / 分子数: 4 / 変異: F55A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P29894, EC: 1.4.99.3
#2: 抗体
Methylamine dehydrogenase, light chain


分子量: 14286.839 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P22619, EC: 1.4.99.3

-
非ポリマー , 5種, 862分子

#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 842 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19.6 mg/mlalphaF55A MADH1drop
22.9 mg/mlamicyanin1drop
34.8 mg/mlcytochrome c-551i1drop
45 mMsodium potassium phosphate1droppH5.0
52.4 Msodium potassium monobasic/dibasic phosphate buffer1reservoirpH5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月12日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 144988 / Num. obs: 117875 / % possible obs: 81.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 8.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 7336 / % possible all: 50.7
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.45 Å / % possible obs: 50.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
精密化構造決定の手法: refined directly
開始モデル: mutant complex structure

解像度: 2.4→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 11655 9.9 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all-144131 --
obs-117401 81.5 %-
溶媒の処理Bsol: 31.6182 Å2 / ksol: 0.364008 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23500 0 220 842 24562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.562.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4-2.550.3761134210.10.3508120490.011195955.9
2.55-2.750.335115740.287914853
2.75-3.020.312219700.254417395
3.02-3.460.250521550.196419179
3.46-4.360.203922580.14720845
4.36-49.050.194123580.141321515
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.88
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.45 Å / Rfactor Rfree: 0.397 / Rfactor Rwork: 0.377

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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