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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mg2 | |||||||||
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タイトル | MUTATION OF ALPHA PHE55 OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALTERS THE REORGANIZATION ENERGY AND ELECTRONIC COUPLING FOR ITS ELECTRON TRANSFER REACTION WITH AMICYANIN | |||||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / electron transfer / methylamine dehydrogenase / cytochrome / blue copper protein / active site mutant | |||||||||
機能・相同性 | ![]() microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards cell periphery / methanol metabolic process / methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / host cell / outer membrane-bounded periplasmic space / host cell endosome ...microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards cell periphery / methanol metabolic process / methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / host cell / outer membrane-bounded periplasmic space / host cell endosome / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sun, D. / Chen, Z.W. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: MUTATION OF AlPHA PHE55 OF METHYLAMINE DEHYDROGENASE ALTERS THE REORGANIZATION ENERGY AND ELECTRONIC COUPLING FOR ITS ELECTRON TRANSFER REACTION WITH AMICYANIN 著者: Sun, D. / Chen, Z.W. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L. #1: ![]() タイトル: Structureof an electron transfer complex: methylamine dehydrogenase, amicyanin, and cytochrome c551i. 著者: Chen, L. / Durley, R. / Mathews, F.S. / Davidson, V.L. | |||||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The authors maintain that the sequence in the sequence database is wrong. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 622.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 520.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | two heterooctameric molecules per asymmetric unit |
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 CGKODHLP
#3: タンパク質 | 分子量: 11505.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 17094.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
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-Methylamine dehydrogenase, ... / 抗体 , 2種, 8分子 AEIMBFJN
#1: タンパク質 | 分子量: 42673.492 Da / 分子数: 4 / 変異: alpha F55A of methylamine dehydrogenase / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | 分子量: 14210.696 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1705分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 化合物 | ChemComp-CU / #7: 化合物 | ChemComp-NA / #8: 化合物 | ChemComp-HEC / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月6日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 173239 / Num. obs: 150718 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 8212 / % possible all: 47.4 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 47.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2MTA 解像度: 2.25→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 35.5258 Å2 / ksol: 0.384412 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.222 |