PDB-1mfc: HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF ANTIBODY FAB FRAGMENT COMPLEXED WIT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mfc

タイトル

HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF ANTIBODY FAB FRAGMENT COMPLEXED WITH CELL-SURFACE OLIGOSACCHARIDE OF PATHOGENIC SALMONELLA

要素

IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (HEAVY CHAIN)
IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (LIGHT CHAIN)

キーワード

IMMUNOGLOBULIN

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zdanov, A. / Cygler, M.

引用

ジャーナル: Biochem.Soc.Trans. / 年: 1993
タイトル: Recognition of a carbohydrate antigenic determinant of Salmonella by an antibody.
著者: Cygler, M. / Wu, S. / Zdanov, A. / Bundle, D.R. / Rose, D.R.

履歴

登録	1993年10月25日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1994年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mfc.cif.gz	100.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mfc.ent.gz	73.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1mfc_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1mfc_full_validation.pdf.gz	469.1 KB	表示
XML形式データ	1mfc_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	1mfc_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/1mfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/1mfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mfbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lk9-4 6oed-2 5i8e-2 3hc0-1 1jgl-d 6pyd-1 6pds-2 1f4y-d 6w05-d 6bpb-d 5ysl-2 4hii-1 3drq-d 1rzi-3 4at6-7 3oau-d 4kkc-3 2fjf-11 1sm3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (LIGHT CHAIN)

H: IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (HEAVY CHAIN)

ヘテロ分子

47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.200, 128.700, 80.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

Atom site foot note

1: CIS PROLINE - PRO L 144 / 2: CIS PROLINE - PRO H 402 / 3: CIS PROLINE - PRO H 404 / 4: CIS PROLINE - PRO H 444

#1: 抗体

IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (LIGHT CHAIN)

分子量: 23125.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 387376

#2: 抗体

IGG1-LAMBDA SE155-4 FAB (HEAVY CHAIN)

分子量: 23570.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 208365

#3: 多糖

alpha-D-galactopyranose-(1-2)-[alpha-D-Abequopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-L-rhamnopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 618.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpa1-2[DAbea1-3]DManpa1-4LRhapa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2211m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5][a2d12m-1a_1-5]/1-2-3-4/a4-b1_b2-c1_b3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Rhap]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Galp]{}[(3+1)][a-D-3-deoxy-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.76 %

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

精密化

R_factor R_work: 0.163 / R_factor obs: 0.163 / 最高解像度: 2.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3177	0	42	195	3414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	3
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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