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- PDB-1mey: CRYSTAL STRUCTURE OF A DESIGNED ZINC FINGER PROTEIN BOUND TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mey
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A DESIGNED ZINC FINGER PROTEIN BOUND TO DNA
要素
  • CONSENSUS ZINC FINGER
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*(C38)P*A)-3')
キーワードTRANSFERASE/DNA / ZINC FINGER / PROTEIN-DNA INTERACTION / PROTEIN DESIGN / COMPLEX (ZINC FINGER-DNA) / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性Classic Zinc Finger / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kim, C.A. / Berg, J.M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: A 2.2 A Resolution Crystal Structure of a Designed Zinc Finger Protein Bound to DNA
著者: Kim, C.A. / Berg, J.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Serine at Position 2 in the DNA Recognition Helix of a Cys2-His2 Zinc Finger Peptide is not, in General, Responsible for Base Recognition
著者: Kim, C.A. / Berg, J.M.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of a Five-Finger GLI-DNA Complex: New Perspectives on Zinc Fingers
著者: Pavletich, N.P. / Pabo, C.O.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: The Crystal Structure of a Two Zinc-Finger Peptide Reveals an Extension to the Rules for Zinc-Finger/DNA Recognition
著者: Fairall, L. / Schwabe, J.W. / Chapman, L. / Finch, J.T. / Rhodes, D.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Zinc Finger-DNA Recognition: Crystal Structure of a Zif268-DNA Complex at 2.1 A
著者: Pavletich, N.P. / Pabo, C.O.
履歴
登録1996年9月27日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*(C38)P*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*(C38)P*A)-3')
C: CONSENSUS ZINC FINGER
F: CONSENSUS ZINC FINGER
G: CONSENSUS ZINC FINGER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,13716
ポリマ－46,5787
非ポリマー5599
水2,378132
1
A: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*(C38)P*A)-3')
C: CONSENSUS ZINC FINGER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4126
ポリマ－18,2163
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*(C38)P*A)-3')
F: CONSENSUS ZINC FINGER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4126
ポリマ－18,2163
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: CONSENSUS ZINC FINGER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3144
ポリマ－10,1471
非ポリマー1663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.070, 165.530, 46.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 ADBE

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*T)-3')


分子量: 4024.649 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*(C38)P*A)-3')


分子量: 4043.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 3分子 CFG

#3: タンパク質 CONSENSUS ZINC FINGER


分子量: 10147.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)

-
非ポリマー , 3種, 141分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE ENTRY CONTAINS TWO COMPLEXES AND ONE UNPAIRED PROTEIN MOLECULE WHICH MAKE UP THE ASYMMETRIC ...THE ENTRY CONTAINS TWO COMPLEXES AND ONE UNPAIRED PROTEIN MOLECULE WHICH MAKE UP THE ASYMMETRIC UNIT. THE FIRST COMPLEX WITH CHAIN IDENTIFIERS A, B AND C ARE BETTER DEFINED SHOWING LESS DISORDER THAN THAT OF THE SECOND COMPLEX IDENTIFIED BY CHAINS D, E AND F. ONLY THE THIRD FINGER DOMAIN OF THE UNPAIRED PROTEIN MOLECULE IS MODELED AS NO DENSITY WAS OBSERVED FOR THE OTHER TWO DOMAINS. NUCLEOSIDE +C B 12,E 12 IS A CYTOSINE WITH AN IODINE ATOM COVALENTLY BOUND TO ATOM C5. THE IODINE IS PRESENTED AS A HETATM AT THE END OF CHAIN *B*, *E" .

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 150011
3BIS-TRIS-PROPANE11
4MGCL211
5NACL11
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / PH range low: 7.8 / PH range high: 7.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mMbis-tris propane1reservoir
210 mM1reservoirMgCl2
380-100 mM1reservoirNaCl
422-24 %PEG15001reservoir
51

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 23392 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. measured all: 146523

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
精密化解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 -10 %
Rwork0.224 --
obs0.224 19237 -
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1579 1054 11 132 2776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.77
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.86
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.22 Å /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 -11 %
Rwork0.347 350 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PRODNA-RNA.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2TOPHCSDX.PRODNA-RNA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection all: 21015 / σ(F): 3 / Rfactor all: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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