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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1met | ||||||
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タイトル | HIV-1 MUTANT (V82F) PROTEASE COMPLEXED WITH DMP323 | ||||||
要素 | HIV-1 PROTEASE | ||||||
キーワード | ASPARTYL PROTEASE / HYDROLASE / ACID PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ala, P. / Chang, C.-H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Molecular basis of HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with cyclic urea inhibitors. 著者: Ala, P.J. / Huston, E.E. / Klabe, R.M. / McCabe, D.D. / Duke, J.L. / Rizzo, C.J. / Korant, B.D. / DeLoskey, R.J. / Lam, P.Y. / Hodge, C.N. / Chang, C.H. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Erratum. Molecular Basis of HIV-1 Protease Drug Resistance: Structural Analysis of Mutant Proteases Complexed with Cyclic Urea Inhibitors 著者: Ala, P.J. / Huston, E.E. / Klabe, R.M. / Mccabe, D.D. / Duke, J.L. / Rizzo, C.J. / Korant, B.D. / Deloskey, R.J. / Lam, P.Y. / Hodge, C.N. / Chang, C.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1met.cif.gz | 56.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1met.ent.gz | 42.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1met.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1met ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1met | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10837.772 Da / 分子数: 2 / 変異: V82F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: BH102 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | ChemComp-DMP / [ | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.6 / PH range high: 5 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 15034 / % possible obs: 93.2 % / Num. measured all: 58279 / Rmerge(I) obs: 0.092 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1HVR Rfactor Rwork: 0.195 / Rfactor obs: 0.195 / 最高解像度: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |