PDB-1me0: Chimeric hairpin with 2',5'-linked RNA loop and DNA stem

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1me0

タイトル

Chimeric hairpin with 2',5'-linked RNA loop and DNA stem

要素

DNA/RNA (5'-D(*GP*GP*AP*C)-R(P*(U25)P*(U25)P*(C25)P*(5GP))-D(P*GP*TP*CP*C)-3')

キーワード

DNA / RNA / Hairpin / (2' / 5')-RNA

機能・相同性

DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Denisov, A.Y. / Hannoush, R.N. / Gehring, K. / Damha, M.J.

引用

ジャーナル: J.AM.CHEM.SOC. / 年: 2003
タイトル: A Novel RNA Motif Based on the Structure of Unusually Stable 2',5'-Linked r(UUCG) Loops
著者: Denisov, A.Y. / Hannoush, R.N. / Gehring, K. / Damha, M.J.

履歴

登録	2002年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年8月24日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1me0.cif.gz	81 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1me0.ent.gz	49 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1me0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1me0_validation.pdf.gz	306.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1me0_full_validation.pdf.gz	357.9 KB	表示
XML形式データ	1me0_validation.xml.gz	4.1 KB	表示
CIF形式データ	1me0_validation.cif.gz	5.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1me0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/1me0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1me1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1i4b-d 2g1z-2 2f87-d 1fry-d 1rng-d 1ih4-4 256d-d 131d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA/RNA (5'-D(*GP*GP*AP*C)-R(P*(U25)P*(U25)P*(C25)P*(5GP))-D(P*GP*TP*CP*C)-3')

3.69 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 20	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average, lowest energy

#1: DNA/RNAハイブリッド	DNA/RNA (5'-D(GPGPAPC)-R(P(U25)P(U25)P(C25)P(5GP))-D(PGPTPCPC)-3') 分子量: 3690.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Solid phase synthesis, phosphoramidite chemistry
構成要素の詳細	NUCLEOTIDES 5(U25), 6(U25), 7(C25), 8(5GP) HAS A NON-STANDARD 2'-5' LINKAGE.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: Structure was determined using standard 2D homo- and heteronuclear techniques: 2D-NOESY, DQF-COSY, TOCSY, H,C-HMQC, H,P-HetCOSY

-
試料調製

詳細	内容: 1.5 mM hairpin / 溶媒系: D2O, H2O/D2O
試料状態	pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851	Brunger	精密化
X-PLOR		Brunger	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were refined by NMR-restrained molecular dynamics (12 ps, 300-1000 K) with final energy minimization

代表構造

選択基準: closest to the average, lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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