PDB-2f87: Solution structure of a GAAG tetraloop in SRP RNA from Pyrococcus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f87

タイトル

Solution structure of a GAAG tetraloop in SRP RNA from Pyrococcus furiosus

要素

SRP RNA

キーワード

RNA / SRP / GNRR

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model type details

minimized average

データ登録者

Okada, K. / Takahashi, M. / Sakamoto, T. / Nakamura, K. / Kanai, A. / Kawai, G

引用

ジャーナル: Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids / 年: 2006
タイトル: Solution structure of a GAAG tetraloop in helix 6 of SRP RNA from Pyrococcus furiosus
著者: Okada, K. / Takahashi, M. / Sakamoto, T. / Kawai, G. / Nakamura, K. / Kanai, A.

履歴

登録	2005年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f87.cif.gz	100.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f87.ent.gz	63.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2f87_validation.pdf.gz	322.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2f87_full_validation.pdf.gz	395.3 KB	表示
XML形式データ	2f87_validation.xml.gz	4 KB	表示
CIF形式データ	2f87_validation.cif.gz	6.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/2f87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/2f87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ldf-d 3trv-2 1me0-d 1ho6-d 1ih4-1 1unc-d 6nw0-2 2mko-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
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類似性 (1)
#146 - 2012年2月
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転移RNA (Transfer RNA)
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リボソーム (Ribosome)
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アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SRP RNA

3.91 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	13 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: RNA鎖	SRP RNA 分子量: 3906.400 Da / 分子数: 1 / 断片: pfHE6-12 / 由来タイプ: 合成詳細: The RNA fragment, pfHE6-12 was chemically synthesized by a phosphoramidite method, using an automatic DNA/RNA synthesizer, Expedite model 8909 (PerSeptive Biosystems).

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
1	4	1

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2.0mM RNA Buffer Na; 95% H2O, 5% D2O; 2.0mM RNA; 20mM Phosphate Buffer Na; 100% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 50mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 283 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
Discover	97	構造決定
XwinNMR	2.6	collection
Felix	97	データ解析
Discover	97	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total of 179 restraints, 127 are NOE-derived distance constraints, 34 dihedral angle restraints, 18 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 13

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関連情報:EMDBヘッダ

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