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- PDB-1mdn: WILD TYPE MYOGLOBIN WITH CO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mdn
タイトルWILD TYPE MYOGLOBIN WITH CO
要素PROTEIN (MYOGLOBIN)
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN STORAGE / MYOGLOBIN / V68N / DEOXY / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding ...Intracellular oxygen transport / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Murshudov, G.N. / Krzywda, S. / Brzozowski, A.M. / Jaskolski, M. / Scott, E.E. / Klizas, S.A. / Gibson, Q.H. / Olson, J.S. / Wilkinson, A.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Stabilizing bound O2 in myoglobin by valine68 (E11) to asparagine substitution.
著者: Krzywda, S. / Murshudov, G.N. / Brzozowski, A.M. / Jaskolski, M. / Scott, E.E. / Klizas, S.A. / Gibson, Q.H. / Olson, J.S. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録1998年8月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (MYOGLOBIN)
B: PROTEIN (MYOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2304
ポリマ－33,9972
非ポリマー1,2332
水8,089449
1
A: PROTEIN (MYOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6152
ポリマ－16,9981
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (MYOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6152
ポリマ－16,9981
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.000, 42.170, 91.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (MYOGLOBIN)


分子量: 16998.416 Da / 分子数: 2 / 変異: V68N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / プラスミド: PLCII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02189
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.42 %
結晶化pH: 7.1 / 詳細: 0.1 PHOSPHATE BUFFER PH 7.1 10 MG/ML PROTEIN
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
172-80 %(v/v)satammonium sulfate1drop
20.1 Mphosphate1drop
310 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→24 Å / Num. obs: 48028 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 26.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 19.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.98 Å / Num. obs: 32221 / % possible obs: 96.7 %
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.98→24 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1560 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-32221 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.589 Å20 Å22.481 Å2
2--1.157 Å20 Å2
3----6.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2471 0 86 449 3006
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0370.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.8354
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.9026
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.4394
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6.3456
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.01270.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1280.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2010.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.27
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor40.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.15
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it4
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it6
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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