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- PDB-1mdb: CRYSTAL STRUCTURE OF DhbE IN COMPLEX WITH DHB-ADENYLATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mdb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DhbE IN COMPLEX WITH DHB-ADENYLATE
要素2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase
キーワードLIGASE / adenylation domain / peptide synthetase / antibiotic biosynthesis / siderophore formation
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3-dihydroxybenzoate-[aryl-carrier protein] ligase / 2,3-dihydroxybenzoate--[aryl-carrier protein] ligase / siderophore biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / : / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / Rossmann fold - #980 / Luciferase; domain 3 / Luciferase; Domain 3 / : / ANL, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 2,3-DIHYDROXY-BENZOIC ACID / 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者May, J.J. / Kessler, N. / Marahiel, M.A. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of DhbE, an archetype for aryl acid activating domains of modular nonribosomal peptide synthetases.
著者: May, J.J. / Kessler, N. / Marahiel, M.A. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2002年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Author states the sequence has recently been deposited at NCBI with the acquisition number ...SEQUENCE Author states the sequence has recently been deposited at NCBI with the acquisition number bankit484943.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6825
ポリマ－59,9881
非ポリマー6934
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.800, 66.800, 115.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / DHBE / Dihydroxybenzoic acid-activating enzyme


分子量: 59988.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: ATCC 21332 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 pREP4
参照: UniProt: P40871, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-DBH / 2,3-DIHYDROXY-BENZOIC ACID / 2,3-ジヒドロキシ安息香酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
18 mg/mlprotein1drop
230 %PEG40001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir
40.2 M1reservoirpH8.6Li2SO4

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データ収集

検出器日付: 2001年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.15→100 Å / Num. obs: 31192 / Observed criterion σ(F): 0
反射
*PLUS
Num. obs: 30982 / % possible obs: 99.4 % / Num. measured all: 104225 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.5 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 5.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1MD9

1md9


解像度: 2.15→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.263 -RANDOM
Rwork0.217 --
obs-31192 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4198 0 10 155 4363
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.217 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.0063
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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