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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1md0 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AN INHIBITED FRAGMENT OF Ets-1 | ||||||
要素 | C-ets-1 protein | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / AUTOINHIBITION / TRANSCRIPTION FACTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Oncogene Induced Senescence / regulation of extracellular matrix disassembly / histone acetyltransferase binding / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding ...Oncogene Induced Senescence / regulation of extracellular matrix disassembly / histone acetyltransferase binding / immune system process / regulation of angiogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell migration / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Garvie, C.W. / Pufall, M.A. / Graves, B.J. / Wolberger, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Structural Analysis of the Autoinhibition of Ets-1 and Its Role in Protein Partnerships 著者: Garvie, C.W. / Pufall, M.A. / Graves, B.J. / Wolberger, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1md0.cif.gz | 73.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1md0.ent.gz | 56 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1md0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1md0_validation.pdf.gz | 426.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1md0_full_validation.pdf.gz | 429.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1md0_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1md0_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/1md0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/1md0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16365.706 Da / 分子数: 2 / 断片: ETS domain, Residues 300-440 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ETS-1 / プラスミド: PET21D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27577 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50mM Sodium Citrate, 20% Peg4000, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5415 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月1日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5415 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 20820 / Num. obs: 19649 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 1396 / Rsym value: 0.176 / % possible all: 68.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 68.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K79 解像度: 2→41.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1491684.06 / Data cutoff high rms absF: 1491684.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.4987 Å2 / ksol: 0.357966 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→41.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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