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- PDB-1mcz: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA COMPLEXED WI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mcz
タイトルBENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA COMPLEXED WITH AN INHIBITOR, R-MANDELATE
要素BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
キーワードLYASE / DECARBOXYLASE / THIAMIN DIPHOSPHATE / R-MANDELATE
機能・相同性
機能・相同性情報


benzoylformate decarboxylase / benzoylformate decarboxylase activity / mandelate catabolic process / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains ...Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R)-MANDELIC ACID / THIAMINE DIPHOSPHATE / Benzoylformate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Polovnikova, E.S. / Bera, A.K. / Hasson, M.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Structural and Kinetic Analysis of Catalysis by a Thiamin Diphosphate-Dependent Enzyme, Benzoylformate Decarboxylase
著者: POLOVNIKOVA, E.S. / McLeish, M.J. / Sergienko, E.A. / Burgner, J.T. / Anderson, N.L. / BERA, A.K. / Jordan, F. / Kenyon, G.L. / HASSON, M.S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of benzoylformate decarboxylase at 1.6 A resolution: diversity of catalytic residues in thiamin diphosphate-dependent enzymes
著者: Hasson, M.S. / Muscate, A. / McLeish, M.J. / Polovnikova, L.S. / Gerlt, J.A. / Kenyon, G.L. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
履歴
登録2002年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年8月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 600HETEROGEN MG 529 (MAGNESIUM 2+) HAVE LOW B-FACTORS, SUGGESTING THAT THEY MAY ACTUALLY BE CALCIUM ...HETEROGEN MG 529 (MAGNESIUM 2+) HAVE LOW B-FACTORS, SUGGESTING THAT THEY MAY ACTUALLY BE CALCIUM IONS, AS IN STRUCTURE 1BFD.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
B: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
C: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
D: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
E: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
F: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
G: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
H: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
I: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
J: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
K: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
L: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
M: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
N: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
O: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
P: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)912,26772
ポリマ－902,44416
非ポリマー9,82356
水29,8331656
1
A: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
B: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
C: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
D: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,06718
ポリマ－225,6114
非ポリマー2,45614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28300 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area58020 Å2
手法PISA
2
E: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
F: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
G: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
H: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,06718
ポリマ－225,6114
非ポリマー2,45614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28310 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area58070 Å2
手法PISA
3
I: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
J: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
K: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
L: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,06718
ポリマ－225,6114
非ポリマー2,45614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28250 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area58130 Å2
手法PISA
4
M: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
N: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
O: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
P: BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,06718
ポリマ－225,6114
非ポリマー2,45614
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28230 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area58290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.800, 209.600, 163.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE / BFD / BFDC


分子量: 56402.746 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: MDLC / プラスミド: PKK233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P20906, benzoylformate decarboxylase
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 化合物
ChemComp-RMN / (R)-MANDELIC ACID / (R)-(-)-マンデル酸


分子量: 152.147 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST A WELL SOLUTION OF 20-22% PEG MME 2000, 100 mM Na citrate, pH 5.2-5.6, 0.15-0.2 M (NH4)2SO4 and 10 mM R- ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST A WELL SOLUTION OF 20-22% PEG MME 2000, 100 mM Na citrate, pH 5.2-5.6, 0.15-0.2 M (NH4)2SO4 and 10 mM R-mandelate. DROPS CONTAINED EQUAL VOLUMES (2-4 MICROL) OF WELL SOLUTION AND PURIFIED BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE [20-50 MG/ML IN 0.1 MM MGCL2, 0.2 MM TDP, 15 MM NAHEPES (PH 7.0)]., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120-50 mg/mlprotein1drop
215 mMHEPES1droppH7.0
30.2 mMThDP1drop
40.1 mM1dropMgCl2
520-22 %PEG2000MME1reservoir
6100 mMsodium citrate1reservoirpH5.2-5.6
70.15-0.2 Mammonium sulfate1reservoir
810 mM(R)-mandelate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: CuKa / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 561773 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 76.2
反射
*PLUS
Num. obs: 206940 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 561773
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76 % / Rmerge(I) obs: 0.187

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BFD

1bfd


解像度: 2.8→30 Å / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: NCS restraints were used on all 16 monomers from residues 2-460 and 472-525. From 461-471, NCS restraints were also applied to two groups: (1) monomers A, D, F, G, H, K and N and (2) monomers ...詳細: NCS restraints were used on all 16 monomers from residues 2-460 and 472-525. From 461-471, NCS restraints were also applied to two groups: (1) monomers A, D, F, G, H, K and N and (2) monomers B, C, E, H, I, L, M, O and P. The side chains of two residues, Phe 464 and Trp 463, are in different conformations in the two groups. In 7 out of 8 cases, the two monomers that compose two active sites in the tetramer have opposite conformations from each other.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 20500 -RANDOM
Rwork0.2 ---
all-220501 --
obs-206413 93.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数62928 0 624 1656 65208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006892
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36814
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.82 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3271 267
Rwork0.2953 -
obs-2657
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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