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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mcx | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF FULL-LENGTH ANNEXIN A1 IN THE PRESENCE OF CALCIUM | ||||||
![]() | ANNEXIN I | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / calcium/phospholipid binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of interleukin-1 production / regulation of leukocyte migration / granulocyte chemotaxis / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / phospholipase A2 inhibitor activity / regulation of hormone secretion / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / neutrophil activation / calcium-dependent phospholipid binding / motile cilium ...regulation of interleukin-1 production / regulation of leukocyte migration / granulocyte chemotaxis / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / phospholipase A2 inhibitor activity / regulation of hormone secretion / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / neutrophil activation / calcium-dependent phospholipid binding / motile cilium / negative regulation of exocytosis / cellular response to glucocorticoid stimulus / vesicle membrane / positive regulation of wound healing / phosphatidylserine binding / monocyte chemotaxis / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / phagocytic cup / lateral plasma membrane / phagocytosis / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of cell shape / early endosome membrane / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / basolateral plasma membrane / adaptive immune response / inflammatory response / apical plasma membrane / innate immune response / calcium ion binding / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luecke, H. / Rosengarth, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Calcium-driven Conformational Switch of the N-terminaland Core Domains of Annexin A1 著者: Luecke, H. / Rosengarth, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hm6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38802.355 Da / 分子数: 1 / 変異: S51L, H69L, L231P, N289I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.84 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 1000, imidazol, calciumacetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→60 Å / Num. obs: 37069 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 27.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 60 Å / % possible obs: 97.9 % / Num. measured all: 568454 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.03 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 95.7 % / Rmerge(I) obs: 0.891 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HM6 解像度: 2.03→60 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Rfree / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→60 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 60 Å / Rfactor Rfree: 0.2311 / Rfactor Rwork: 0.1962 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.061 |