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万見
- PDB-1aii: ANNEXIN III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aii
タイトルANNEXIN III
要素ANNEXIN III
キーワードCALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN / ANNEXIN / PHOSPHOLIPASE A2 INHIBITOR / CALCIUM-PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neutrophil degranulation / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of DNA metabolic process / specific granule / response to growth factor / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / phagocytosis / animal organ regeneration ...neutrophil degranulation / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of DNA metabolic process / specific granule / response to growth factor / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / phagocytosis / animal organ regeneration / response to glucocorticoid / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / hippocampus development / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of angiogenesis / calcium-dependent protein binding / defense response to bacterium / axon / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A3 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A3 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOLAMINE / Annexin A3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lewit-Bentley, A. / Perron, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Can enzymatic activity, or otherwise, be inferred from structural studies of annexin III?
著者: Perron, B. / Lewit-Bentley, A. / Geny, B. / Russo-Marie, F.
履歴
登録1996年11月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANNEXIN III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7858
ポリマ－36,4271
非ポリマー3587
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.290, 68.720, 50.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ANNEXIN III


分子量: 36427.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PLASMID SOURCE PUC (BIOGEN, CAMBRIDGE, MA, USA) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NB42 / 参照: UniProt: P12429
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミン


タイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.87 %
結晶化pH: 7.8
詳細: 18MG/ML PROTEIN, 10MM CACL2 IN 50 MM HEPES AT PH=7.8 WAS EQUILIBRATED AGAINST 50% AMMONIUM SULFATE IN THE SAME BUFFER.
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
118 mg/mlprotein1drop
210 mM1dropCaCl2
31 mM1dropMnCl2
41 mMinositol 2-phosphate1drop
525 %ammonium sulfate1drop
650 mMTris-HCl1drop
750 %ammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: D41A / 波長: 1.38
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月8日
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→18.95 Å / Num. obs: 20818 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 0.6 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 4.71
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.08 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.139 / % possible all: 83.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 78671 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.5 % / Rmerge(I) obs: 0.139

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
PROLSQ精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AXN

1axn


解像度: 1.95→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1039 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.196 20799 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2553 0 6 233 2792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.030.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord00.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.7042.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.9292.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.5473
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0050.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.080.12
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2150.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1620.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1690.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.0193
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.81115
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor33.51920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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