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万見
- PDB-1mc2: monomeric LYS-49 phospholipase A2 homologue purified from AG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mc2
タイトルmonomeric LYS-49 phospholipase A2 homologue purified from AG
要素Acutohaemonlysin
キーワードTOXIN / YS49-PHOSPHOLIPASE A2 / SNAKE VENOM / AGKISTRODON ACUTUS
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Basic phospholipase A2 homolog acutohaemolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Deinagkistrodon acutus (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 0.85 Å
データ登録者Liu, Q. / Huang, Q.Q. / Zhang, R.G. / Weeks, C.M. / Jelsch, C. / Teng, M.K. / Niu, L.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The crystal structure of a novel, inactive, lysine 49 PLA2 from Agkistrodon acutus venom: an ultrahigh resolution, AB initio structure determination
著者: Liu, Q. / Huang, Q.Q. / Teng, M.K. / Weeks, C.M. / Jelsch, C. / Zhang, R.G. / Niu, L.W.
履歴
登録2002年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acutohaemonlysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2143
ポリマ－14,0931
非ポリマー1202
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.732, 59.086, 45.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2004-

HOH

21A-2044-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Acutohaemonlysin / phospholipase a2


分子量: 14093.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinagkistrodon acutus (ヘビ) / 参照: UniProt: O57385
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 15.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: PEG4000, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 詳細: Huang, Q.Q., (2000) Acta Crystallogr., D56, 907.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %(v/v)2-propanol1reservoir
220 %(w/v)PEG40001reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6
420-30 mg/mlprotein1drop
518 %(w/v)PEG40001drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月10日
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.85→10 Å / Num. all: 155596 / Num. obs: 73203 / % possible obs: 79.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rsym value: 0.027
反射 シェル解像度: 0.8→0.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 0.332 / % possible all: 30
反射
*PLUS
最高解像度: 0.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 84242 / % possible obs: 76.6 % / Num. measured all: 384478 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 34.7 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 0.367

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 0.85→10 Å / Num. parameters: 11281 / Num. restraintsaints: 13526 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 5.12% (include all data)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.121 3360 -RANDOM
all0.1043 73203 --
obs0.0949 73203 79.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 10 / Occupancy sum hydrogen: 945 / Occupancy sum non hydrogen: 1210
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2019 0 0 236 2255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0263
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.109
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.155
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.131
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.036
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.083
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 0.8 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rwork: 0.1052
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0188
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.1789
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg0.7973

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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