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- PDB-1mbs: X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF SEAL MYOGLOBIN. THE MOLECULE AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mbs
タイトルX-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF SEAL MYOGLOBIN. THE MOLECULE AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Phoca vitulina (ごまふあざらし)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Scouloudi, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: X-ray crystallographic studies of seal myoglobin. The molecule at 2.5 A resolution.
著者: Scouloudi, H. / Baker, E.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: A Preliminary Comparison of Metmyoglobin Molecules from Seal and Sperm Whale
著者: Scouloudi, H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Structure of Myoglobin Refined at 2.0 Angstroms. I.Crystallographic Refinement of Metmyoglobin from Sperm Whale
著者: Takano, T.
#3: ジャーナル: Prog.Stereochem. / 年: 1969
タイトル: Stereochemistry of the Protein Myoglobin
著者: Watson, H.C.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1969
タイトル: Comparison of Myoglobins from Harbor Seal, Porpoise and Sperm Whale. V. The Complete Amino Acid Sequences of Harbor Seal and Propoise Myoglobins
著者: Bradshaw, R.A. / Gurd, F.R.N.
#5: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1979年3月22日処理サイト: BNL
改定 1.01979年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9502
ポリマ－17,3341
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.810, 29.700, 106.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MA121
Atom site foot note1: IN RESIDUE LYS 147 THE ORIENTATION OF THE SIDE CHAIN FROM ATOM CG IS DOUBTFUL.
2: THE ORIENTATION OF THE LAST THREE RESIDUES (PHE 151, HIS 152, GLY 153) IS UNCERTAIN.

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 17333.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phoca vitulina (ごまふあざらし)
参照: UniProt: P02162, UniProt: P68080*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化
*PLUS
手法: other
詳細: Scouloudi, H., (1960) Proc. Roy. Soc. ser. A, 258, 181., Scouloudi, H., (1969) J. Mol. Biol., 40, 353.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 2.5 Å
詳細: AUTHORS MAINTAIN THAT THE ORIENTATION OF THE LAST THREE RESIDUES (PHE 151, HIS 152, GLY 153) IS UNCERTAIN. ALSO, IN RESIDUE LYS 147 THE ORIENTATION OF THE SIDE CHAIN FROM ATOM CG IS DOUBTFUL.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1223 0 43 0 1266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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