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万見
- PDB-1m9s: Crystal structure of Internalin B (InlB), a Listeria monocytogene... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m9s
タイトルCrystal structure of Internalin B (InlB), a Listeria monocytogenes virulence protein containing SH3-like domains.
要素Internalin B
キーワードSIGNALING PROTEIN / internalin / cell invasion / GW domains / SH3 domains
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / heparin binding / lipid binding / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #170 / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent ...SH3 type barrels. - #170 / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / Immunoglobulin-like - #1220 / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / SH3 type barrels. / Immunoglobulin E-set / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TERBIUM(III) ION / Internalin B / Internalin B
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Marino, M. / Banerjee, M. / Jonquieres, R. / Cossart, P. / Ghosh, P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2002
タイトル: GW domains of the Listeria monocytogenes invasion protein InlB are SH3-like and mediate binding to host ligands
著者: Marino, M. / Banerjee, M. / Jonquieres, R. / Cossart, P. / Ghosh, P.
履歴
登録2002年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Internalin B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8319
ポリマ－68,6221
非ポリマー1,2098
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.5, 330.9, 182.4
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-643-

TB

詳細The biological assembly is a monomer composed of InlB residues 36 to 630. Residues 320 to 390 are present but disordered. Ambiguity in the position of this disordered region means that the monomer is made up of one N-terminal domain and one C-terminal domain, but there are two possible positions for the C-terminal domain. The alternate position for C-terminal domain is generated by the two fold axis (x = -x, y = y, z = 1/2 - z).

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要素

#1: タンパク質 Internalin B


分子量: 68622.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
遺伝子: inlB / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25147, UniProt: P0DQD2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: lithium sulfate, glycerol, dithiothreitol, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11.9 M1reservoirLi2SO4
210 %glycerol1reservoir
31 mMdithiothreitol1reservoir
4100 mMMES1reservoirpH6.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.8455, 1.8461, 1.722
シンクロトロンNSLS X2521.6493, 1.6499, 1.61
シンクロトロンNSLS X2531.15
検出器
タイプID検出器日付
SBC-21CCD2000年11月21日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年8月3日
ADSC QUANTUM 43CCD2001年8月3日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.84551
21.84611
31.7221
41.64931
51.64991
61.611
71.151
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 43356 / Num. obs: 37423 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / % possible all: 59
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 59 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 1706 -Random
Rwork0.273 ---
all0.274 43557 --
obs0.274 37408 85.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 93.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.353 Å20 Å20 Å2
2--27.901 Å20 Å2
3----16.547 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4170 0 12 65 4247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.344
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0064
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.743
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.068
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.274 / Rfactor Rfree: 0.302 / Rfactor Rwork: 0.273
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.743
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.068
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.65 Å / 最低解像度: 2.74 Å / Rfactor Rfree: 0.488 / Rfactor Rwork: 0.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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