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- PDB-1m9p: Crystalline Human Carbonmonoxy Hemoglobin C Exhibits The R2 Quate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m9p
タイトルCrystalline Human Carbonmonoxy Hemoglobin C Exhibits The R2 Quaternary State at Neutral pH In The Presence of Polyethylene Glycol: The 2.1 Angstrom Resolution Crystal Structure
要素
  • Hemoglobin alpha chain
  • Hemoglobin beta chain
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Mutant human hemoglobin C(beta E6K) / R2 quaternary state of human hemoglobin / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / platelet aggregation / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Patskovska, L.N. / Patskovsky, Y.V. / Almo, S.C. / Hirsch, R.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: COHbC and COHbS crystallize in the R2 quaternary state at neutral pH in the presence of PEG 4000.
著者: Patskovska, L.N. / Patskovsky, Y.V. / Almo, S.C. / Hirsch, R.E.
履歴
登録2002年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 400COMPOUND THE QUATERNARY STRUCTURE OF THIS PDB ENTRY SUPERIMPOSES UPON THE R2 QUATERNARY STATE OF ...COMPOUND THE QUATERNARY STRUCTURE OF THIS PDB ENTRY SUPERIMPOSES UPON THE R2 QUATERNARY STATE OF COHBA (PDB ID 1BBB), BUT NOT UPON THE R QUATERNARY CONFORMATION OF OUR COHBC STRUCTURE OBTAINED IN CONCENTRATED PHOSPHATE BUFFER AT PH 7.35 (PDB ID 1K1K) OR UPON R-STATE COHBA(PDB ID 1HHO).
Remark 999SEQUENCE Author states the protein was not genetically manipulated, but the residue E6K of chains B ...SEQUENCE Author states the protein was not genetically manipulated, but the residue E6K of chains B and D are allelic variants of human hemoglobin A.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin alpha chain
B: Hemoglobin beta chain
C: Hemoglobin alpha chain
D: Hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,65912
ポリマ－62,0814
非ポリマー2,5788
水7,873437
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11710 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area22780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.00, 58.70, 175.20
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a tetramer in the assymetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood erythrocytes / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood erythrocytes / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 21% Polyethylene glycol, 0.150M HEPES-Na, chloride anion traces, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110-20 mg/mlprotein1reservoir
20.1 Msodium HEPES1reservoir
320-21 %PEG40001reservoir
430 mg/mlprotein1drop
50.1 Msodium HEPES1droppH7.1
625 %PEG40001drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
回転陽極RIGAKU21.5418
回転陽極RIGAKU31.5418
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2001年6月27日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2001年11月28日
RIGAKU RAXIS IV3IMAGE PLATE2001年11月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 32840 / Num. obs: 31220 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 0.1 / 冗長度: 20.1 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 1.54 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1935 / % possible all: 56.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 90 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BBB

1bbb


解像度: 2.1→8 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff high rms absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1423 5.04 %RANDOM
Rwork0.231 ---
all-30567 --
obs-28245 83.36 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.093 Å20 Å20 Å2
2---2.437 Å20 Å2
3---3.531 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4384 0 180 437 5001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.764
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.06
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.858
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it57
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it34
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it710
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1-2.190.3774914.90.3754175242.03
2.19-2.310.3711450.3622279967.24
2.31-2.450.37491530.337334379.27
2.45-2.630.33461840.3375357285.7
2.63-2.880.35582060.3294395793.77
2.88-3.280.33262010.2763416597.88
3.28-4.040.24842140.1941425199.39
4.04-80.20012290.16440699.77
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1param19x.hemetoph19.pep
X-RAY DIFFRACTION2protein_rep.paramtoph19x.heme
X-RAY DIFFRACTION3tophcsdx.pro
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 8 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.06
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.858

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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