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- PDB-1m8k: Crystal Structure Of Methanobacterium Thermoautotrophicum Nicotin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m8k
タイトルCrystal Structure Of Methanobacterium Thermoautotrophicum Nicotinamide Mononucleotide Adenylyltransferase Mutant H19A complexed with NAD
要素Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / nucleotidyltransferase HXGH active site motif
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase, archaeal type / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Saridakis, V. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Mutational, Structural, and Kinetic Studies of the ATP-binding Site of Methanobacterium thermoautotrophicum Nicotinamide Mononucleotide Adenylyltransferase
著者: Saridakis, V. / Pai, E.F.
履歴
登録2002年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase
B: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase
C: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7719
ポリマ－61,4933
非ポリマー2,2786
水00
1
A: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase
B: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase
C: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase
ヘテロ分子

A: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase
B: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase
C: Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,54318
ポリマ－122,9866
非ポリマー4,55712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554y,x,-z-11
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20710 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area36450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.480, 124.480, 111.826
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The protein is made up of a dimer of trimers.

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide-nucleotide Adenylyltransferase / NAD(+) pyrophosphorylase / NAD(+) diphosphorylase / NMN adenylyltransferase


分子量: 20497.660 Da / 分子数: 3 / 変異: H19A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
遺伝子: mth150 / プラスミド: pET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O26253, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5 M Ammonium Sulfate, 100 mM Tris, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.6 Mammonium sulfate1reservoir
25 %glycerol1reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
41.5-1.6 Mammonium sulfate1drop
55 %glycerol1drop
6100 mMTris-HCl1droppH8.0
710 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→15 Å / Num. obs: 20207 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.192 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 2012 / Rsym value: 0.418
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. measured all: 223204 / Rmerge(I) obs: 0.14
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1ej2

1ej2


解像度: 3→14.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 317851.62 / Data cutoff high rms absF: 317851.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1822 9.9 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.194 18423 91.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.3492 Å2 / ksol: 0.342116 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.61 Å210.61 Å20 Å2
2---4.61 Å20 Å2
3---9.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4053 0 147 0 4200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.99
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.332.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 279 10.2 %
Rwork0.259 2448 -
obs--82 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4NAD.PARAMNAD.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CIS_PEPTIDE.PARAMCIS_PEPTIDE.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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