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万見
- PDB-1m8a: Human MIP-3alpha/CCL20 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m8a
タイトルHuman MIP-3alpha/CCL20
要素Small inducible cytokine A20
キーワードCYTOKINE / CC-chemokine / IL-8 type dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


thymocyte migration / CCR6 chemokine receptor binding / T cell migration / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis ...thymocyte migration / CCR6 chemokine receptor binding / T cell migration / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / : / positive regulation of T cell migration / cellular response to interleukin-1 / neutrophil chemotaxis / cell chemotaxis / cellular response to type II interferon / chemotaxis / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / C-C motif chemokine 20
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hoover, D.M. / Boulegue, C. / Yang, D. / Oppenheim, J.J. / Tucker, K. / Lu, W. / Lubkowski, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The structure of human macrophage inflammatory protein-3alpha /CCL20. Linking antimicrobial and CC chemokine receptor-6-binding activities with human beta-defensins
著者: Hoover, D.M. / Boulegue, C. / Yang, D. / Oppenheim, J.J. / Tucker, K. / Lu, W. / Lubkowski, J.
履歴
登録2002年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small inducible cytokine A20
B: Small inducible cytokine A20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,68812
ポリマ－16,0872
非ポリマー60110
水3,045169
1
A: Small inducible cytokine A20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4648
ポリマ－8,0441
非ポリマー4217
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Small inducible cytokine A20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2244
ポリマ－8,0441
非ポリマー1803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.822, 70.822, 71.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細The molecule is likely a monomer

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要素

#1: タンパク質 Small inducible cytokine A20 / CC-Chemokine LARC / MIP-3-alpha / CCL20 / Macrophage inflammatory protein 3 alpha / Liver and ...CC-Chemokine LARC / MIP-3-alpha / CCL20 / Macrophage inflammatory protein 3 alpha / Liver and activation-regulated chemokine / Beta chemokine exodus-1


分子量: 8043.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PROTEIN WAS SYNTHESIZED USING Machine-assisted stepwise solid phase peptide synthesis on an Applied Biosystems 433A synthesizer using a custom-designed program tailored from the published ...詳細: THE PROTEIN WAS SYNTHESIZED USING Machine-assisted stepwise solid phase peptide synthesis on an Applied Biosystems 433A synthesizer using a custom-designed program tailored from the published in situ neutralization/HBTU activation protocol for Boc chemistry (Schnolzer, M. et al. (1992) J.Pept.Protein Res. 40, 180-193). IT IS NATURALLY FOUND IN HOMO SAPIENS (HUMAN).
参照: UniProt: P78556
#2: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: isopropanol, sodium citrate, N-(2-hydroxyethyl)piperazine-N'-(2-ethanesulfonic acid), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
結晶化
*PLUS
温度: 12 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
116 mg/mlprotein1dropin water
220 %isopropanol1reservoir
3200 mMtrisodium citrate1reservoir
4100 mMHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 21953 / Num. obs: 21953 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 99101
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 96.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EQT

1eqt


解像度: 1.7→15 Å / Num. parameters: 4979 / Num. restraintsaints: 4435
Isotropic thermal model: anisotropic for sulfur, isotropic otherwise
交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2383 834 4.3 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
all0.1931 19365 --
obs0.1931 19365 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 27.7 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1175
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1025 0 0 209 1234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0284
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.087
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor all: 0.19 / Rfactor Rfree: 0.238 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.028

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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