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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m7u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a novel DNA-binding domain from Ndt80, a transcriptional activator required for meiosis in yeast | ||||||
![]() | Ndt80 protein | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION ACTIVATOR / yeast protein / DNA-binding / meiosis | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear chromosome / meiotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Montano, S.P. / Cote, M.L. / Fingerman, I. / Pierce, M. / Vershon, A.K. / Georgiadis, M.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the DNA-binding domain from Ndt80, a transcriptional activator required for meiosis in yeast 著者: Montano, S.P. / Cote, M.L. / Fingerman, I. / Pierce, M. / Vershon, A.K. / Georgiadis, M.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE DISCREPANCIES ARE PRESENT DUE TO ERRORS IN PCR. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31307.455 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA binding domain, residues 59-330 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Ndt80 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium sulfate, citric acid, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 294 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 17541 / Num. obs: 17150 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 89.9 |
反射 | *PLUS % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.9 Å / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.86 Å /
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor Rwork: 0.232 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.37 / Rfactor Rwork: 0.32 |