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万見
- PDB-1m6k: Structure of the OXA-1 class D beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m6k
タイトルStructure of the OXA-1 class D beta-lactamase
要素beta-lactamase OXA-1
キーワードHYDROLASE / side chain modification / lysine carbamylation / hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase OXA-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sun, T. / Nukaga, M. / Mayama, K. / Braswell, E.H. / Knox, J.R.
引用
ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 2003
タイトル: Comparison of beta-lactamases of classes A and D: 1.5A crystallographic structure of the class D OXA-1 oxacillinase
著者: Sun, T. / Nukaga, M. / Mayama, K. / Braswell, E.H. / Knox, J.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray study of OXA-1, a class D beta-lactamase
著者: Sun, T. / Nukaga, M. / Mayama, K. / Crichlow, G.V. / Kuzin, A.P. / Knox, J.R.
履歴
登録2002年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THE MATURE, CRYSTALLIZED PROTEIN STARTS AT RESIDUE 18 AS CONFIRMED BY ...SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THE MATURE, CRYSTALLIZED PROTEIN STARTS AT RESIDUE 18 AS CONFIRMED BY SEQUENCING. RESIDUES 16 AND 17 ARE IN THE SIGNAL SEQUENCE. AUTHORS ALSO STATE THAT ARG 128 IS AN ERROR IN THE SWISSPROT SEQUENCE AND THAT GLY 128 IS THE CORRECT RESIDUE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-lactamase OXA-1
B: beta-lactamase OXA-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,58912
ポリマ－56,4082
非ポリマー1,18210
水10,070559
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.02, 51.62, 72.89
Angle α, β, γ (deg.)70.19, 84.11, 81.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 beta-lactamase OXA-1 / Penicillinase / oxacillinase


分子量: 28203.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: OXA1 / プラスミド: pET12a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P13661, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 559 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000 (10/20%), 50 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.5-3 mg/mlprotein1drop
210 %PEG80001drop
30.05 MHEPES1droppH7.5
420 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS A110.935
シンクロトロンCHESS A120.929
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD1999年2月13日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年6月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9351
20.9291
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. all: 69837 / Num. obs: 69837 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 2979 / Rsym value: 0.123 / % possible all: 36.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 69838 / 冗長度: 2.62 % / Num. measured all: 183270
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 36.9 % / 冗長度: 1.53 % / Num. unique obs: 2979 / Num. measured obs: 4561 / Mean I/σ(I) obs: 5.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1FOF and 1E4D

1fof

1e4d


解像度: 1.5→48.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 500 / Data cutoff high rms absF: 500 / Isotropic thermal model: isotropic B-factors / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1396 1.8 %RANDOM
Rwork0.182 ---
all0.182 68784 --
obs0.182 68784 88.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.184 Å0.161 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.081 Å0.089 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3931 0 0 639 4570
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5742
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6442.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 91 3 %
Rwork0.212 2979 -
obs-3795 48.7 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 75 Å / Num. reflection obs: 67388 / Rfactor Rfree: 0.204 / Rfactor Rwork: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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