[日本語] English
万見
- PDB-1m5h: Formylmethanofuran:tetrahydromethanopterin formyltransferase from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m5h
タイトルFormylmethanofuran:tetrahydromethanopterin formyltransferase from Archaeoglobus fulgidus
要素Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ALPHA/BETA SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin N-formyltransferase / formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin N-formyltransferase activity / lactate oxidation / one-carbon metabolic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #520 / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr, C-terminal / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr, N-terminal / Formylmethanofuran: tetrahydromethanopterin formyltransferase Ftr, ferredoxin-like superfamily / Formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin formyltransferase / FTR, proximal lobe / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mamat, B. / Roth, A. / Grimm, C. / Ermler, U. / Tziatzios, C. / Schubert, D. / Thauer, R.K. / Shima, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures and enzymatic properties of three formyltransferases from archaea: environmental adaptation and evolutionary relationship.
著者: Mamat, B. / Roth, A. / Grimm, C. / Ermler, U. / Tziatzios, C. / Schubert, D. / Thauer, R.K. / Shima, S.
履歴
登録2002年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
B: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
C: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
D: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
E: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
F: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
G: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
H: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,55632
ポリマ－253,6188
非ポリマー93824
水32,3191794
1
A: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
B: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
C: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
D: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,27816
ポリマ－126,8094
非ポリマー46912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19710 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area39460 Å2
手法PISA
2
E: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
F: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
G: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
H: Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,27816
ポリマ－126,8094
非ポリマー46912
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19530 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area39560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.100, 81.810, 99.100
Angle α, β, γ (deg.)90.10, 110.04, 93.75
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Formylmethanofuran--tetrahydromethanopterin formyltransferase / E.C.2.3.1.101 / Formylmethanofuran:Tetrahydromethanopterin formyltransferase / ftr-2 / ftr-2 AF2207


分子量: 31702.188 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
プラスミド: pET24b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O28076, formylmethanofuran-tetrahydromethanopterin N-formyltransferase
#2: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Imidazol/Malate, KSCN, PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
210 mMMOPS1droppH7.0
30.1 Mimidazole-malate1reservoir
40.2 MKSCN1reservoir
523 %PEG33501reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8452 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8452 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 175340 / Num. obs: 150792 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 5.2 Å2 / Rsym value: 0.08
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rsym value: 0.223 / % possible all: 67
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 86 % / Num. measured all: 839340 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 67 % / Rmerge(I) obs: 0.223

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Formylmethanofuran:Tetrahydromethanopterin Formyltransferase from Methanosarcina barkeri

解像度: 2→29.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 6405 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.229 175340 --
obs0.229 150792 82.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.8486 Å2 / ksol: 0.346027 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.65 Å20.51 Å22.24 Å2
2---0.21 Å20.6 Å2
3----2.43 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.33 Å / Luzzati sigma a free: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17840 0 24 1794 19658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.862.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 841 5.3 %
Rwork0.248 15090 -
obs-15931 62.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.282 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.31 / Rfactor Rwork: 0.248

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る