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万見
- PDB-1m4m: Mouse Survivin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m4m
タイトルMouse Survivin
要素BACULOVIRAL IAP REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
キーワードAPOPTOSIS / Zn Finger Baculovirus IAP repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


survivin complex / establishment of chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / regulation of type B pancreatic cell proliferation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / interphase microtubule organizing center ...survivin complex / establishment of chromosome localization / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / regulation of type B pancreatic cell proliferation / positive regulation of mitotic cytokinesis / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of exit from mitosis / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / interphase microtubule organizing center / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / meiosis I / chromosome passenger complex / protein-containing complex localization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cytoplasmic microtubule / centriole / tubulin binding / positive regulation of mitotic cell cycle / regulation of mitotic cell cycle / mitotic spindle organization / spindle microtubule / kinetochore / microtubule cytoskeleton organization / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / negative regulation of neuron apoptotic process / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Muchmore, S.W. / Chen, J. / Jakob, C. / Zakula, D. / Matayoshi, E.D. / Wu, W. / Zhang, H. / Li, F. / Ng, S.C. / Altieri, D.C.
引用ジャーナル: MOL.CELL / 年: 2000
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE AND MUTAGENIC ANALYSIS OF THE INHIBITOR-OF-APOPTOSIS PROTEIN SURVIVIN
著者: Muchmore, S.W. / Chen, J. / Jakob, C. / Zakula, D. / Matayoshi, E.D. / Wu, W. / Zhang, H. / Li, F. / Ng, S.C. / Altieri, D.C.
履歴
登録2002年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACULOVIRAL IAP REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4503
ポリマ－16,3201
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: BACULOVIRAL IAP REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
ヘテロ分子

A: BACULOVIRAL IAP REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9016
ポリマ－32,6392
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
3
A: BACULOVIRAL IAP REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
ヘテロ分子

A: BACULOVIRAL IAP REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9016
ポリマ－32,6392
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)41.43, 41.43, 291.34
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

ZN

-
要素

#1: タンパク質 BACULOVIRAL IAP REPEAT-CONTAINING PROTEIN 5 / Apoptosis inhibitor survivin / Apoptosis inhibitor 4 / TIAP


分子量: 16319.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: O70201
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Isopropanol, cacodylate potassium chloride, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110-20 %isopropanol1reservoir
20.05 Msodium cacodylate1reservoirpH6.0
30.1 M1reservoirKCl
40.05 M1reservoirMgCl2
510 mMHEPES1droppH7.5
6150 mM1dropNaCl
72 mMBME1drop

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-ID11.2822, 1.2831, 1.2716
シンクロトロンAPS 17-ID21.2
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111MADMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28221
21.28311
31.27161
41.21
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 4576 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル最高解像度: 2.7 Å / % possible all: 81
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 4579 / % possible obs: 94.1 % / Num. measured all: 23422 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.2 % / Rmerge(I) obs: 0.135

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNX精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.8→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 388 -Random
Rwork0.243 ---
obs-3891 94.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数928 0 2 0 930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.54
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 35 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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