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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m46 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MLC1P BOUND TO IQ4 OF MYO2P, A CLASS V MYOSIN | ||||||
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![]() | CELL CYCLE PROTEIN / Protein-Peptide complex / IQ motif / myosin light chain | ||||||
機能・相同性 | ![]() MIH complex / regulation of cell wall organization or biogenesis / regulation of actomyosin contractile ring contraction / RHO GTPases activate PAKs / peroxisome inheritance / protein localization to cell division site involved in mitotic actomyosin contractile ring assembly / myosin II heavy chain binding / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex ...MIH complex / regulation of cell wall organization or biogenesis / regulation of actomyosin contractile ring contraction / RHO GTPases activate PAKs / peroxisome inheritance / protein localization to cell division site involved in mitotic actomyosin contractile ring assembly / myosin II heavy chain binding / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / membrane addition at site of cytokinesis / RHOU GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / vesicle targeting / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / site of polarized growth / myosin V complex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / vacuole inheritance / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / septum digestion after cytokinesis / myosin V binding / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle transport along actin filament / vesicle docking involved in exocytosis / fungal-type vacuole membrane / myosin II complex / microfilament motor activity / filamentous actin / actin filament bundle / establishment of mitotic spindle orientation / vesicle-mediated transport / transport vesicle / regulation of cytokinesis / actin filament organization / actin filament binding / protein transport / actin cytoskeleton / vesicle / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Terrak, M. / Dominguez, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two distinct myosin light chain structures are induced by specific variations within the bound IQ motifs-functional implications 著者: Terrak, M. / Wu, G. / Stafford, W.F. / Lu, R.C. / Dominguez, R. #1: ![]() タイトル: Crystallisation, X-ray characterization and selenomethionine phasing of Mlc1p bound to IQ motifs from myosin V 著者: Terrak, M. / Otterbein, L.R. / Wu, G. / Palecanda, L.A. / Lu, R.C. / Dominguez, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 366.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 366.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16332.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MLC1 / プラスミド: pAED4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3087.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast). 参照: UniProt: P19524 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium sulfate, potassium/sodium tartrate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 4 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月1日 / 詳細: Charles Supper Double Mirror X-ray Focusing System |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.103→45 Å / Num. all: 10540 / Num. obs: 10540 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.103→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 98.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 45 Å / % possible obs: 99.2 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 解像度: 2.103→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.782 / SU ML: 0.129 / Isotropic thermal model: overall anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: CNS 1.0 was also used at the beginning of the refinement of this structure
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.784 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.103→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.103→2.157 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.199 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |