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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m45 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MLC1P BOUND TO IQ2 OF MYO2P, A CLASS V MYOSIN | ||||||
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![]() | CELL CYCLE PROTEIN / Protein-Peptide complex / IQ motif / myosin light chain | ||||||
機能・相同性 | ![]() MIH complex / regulation of cell wall organization or biogenesis / regulation of actomyosin contractile ring contraction / RHO GTPases activate PAKs / peroxisome inheritance / protein localization to cell division site involved in mitotic actomyosin contractile ring assembly / myosin II heavy chain binding / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex ...MIH complex / regulation of cell wall organization or biogenesis / regulation of actomyosin contractile ring contraction / RHO GTPases activate PAKs / peroxisome inheritance / protein localization to cell division site involved in mitotic actomyosin contractile ring assembly / myosin II heavy chain binding / RHOT2 GTPase cycle / RHOT1 GTPase cycle / Myo2p-Vac17p-Vac8p transport complex / membrane addition at site of cytokinesis / RHOU GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / vesicle targeting / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / site of polarized growth / myosin V complex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / vacuole inheritance / Golgi inheritance / incipient cellular bud site / cellular bud tip / septum digestion after cytokinesis / myosin V binding / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle transport along actin filament / fungal-type vacuole membrane / vesicle docking involved in exocytosis / myosin II complex / microfilament motor activity / filamentous actin / actin filament bundle / establishment of mitotic spindle orientation / vesicle-mediated transport / transport vesicle / regulation of cytokinesis / actin filament organization / actin filament binding / protein transport / actin cytoskeleton / vesicle / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Terrak, M. / Dominguez, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two distinct myosin light chain structures are induced by specific variations within the bound IQ motifs-functional implications 著者: Terrak, M. / Wu, G. / Stafford, W.F. / Lu, R.C. / Dominguez, R. #1: ![]() タイトル: Crystallisation, X-ray characterization and selenomethionine phasing of Mlc1p bound to IQ motifs from myosin V 著者: Terrak, M. / Otterbein, L.R. / Wu, G. / Palecanda, L.A. / Lu, R.C. / Dominguez, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 365.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 368.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16332.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: MLC1 / プラスミド: pAED4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2993.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast). 参照: UniProt: P19524 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 3350, sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→25.4 Å / Num. all: 17258 / Num. obs: 17258 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 25.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 86 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 解像度: 1.65→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.229 / SU ML: 0.076 / Isotropic thermal model: overall anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: CNS 1.0 was also used at the beginning of the refinement of this structure
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.235 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20 /
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