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万見
- PDB-1m3w: Crystal Structure of a Molecular Maquette Scaffold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m3w
タイトルCrystal Structure of a Molecular Maquette Scaffold
要素H10H24
キーワードDE NOVO PROTEIN / four-helix bundle / heme binding / maquette / heme binding protein / electron transport
機能・相同性:
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Huang, S.S. / Gibney, B.R. / Stayrook, S.E. / Dutton, P.L. / Lewis, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: X-ray Structure of a Maquette Scaffold
著者: Huang, S.S. / Gibney, B.R. / Stayrook, S.E. / Dutton, P.L. / Lewis, M.
履歴
登録2002年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H10H24
B: H10H24
C: H10H24
D: H10H24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6276
ポリマ－15,2264
非ポリマー4012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area7590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.900, 48.800, 46.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
H10H24


分子量: 3806.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED BY Solid phase protein synthesis using Fmoc protected amino acids.
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.83 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 2000MME, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
結晶化
*PLUS
温度: 28 ℃ / pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
20.1 MHEPES1reservoirpH7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.98245, 1.00191, 1.009757
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.982451
21.001911
31.0097571
反射解像度: 2.73→20 Å / Num. all: 4649 / Num. obs: 3188 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 90.3 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.73→2.83 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 12 / Num. unique all: 324 / Rsym value: 0.105 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→9.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Data cutoff high absF: 618561.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: bulk solvent correction by CNS1.1, density level 0.44 e/A^3, B-factor 36.7456 A^2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 135 4.8 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.2357 2822 --
obs0.234 2820 98 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.8175 Å2 / ksol: 0.447641 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.86 Å20 Å28.61 Å2
2---5.83 Å20 Å2
3----3.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1044 0 2 0 1046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.692
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.152.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.082 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 17 3.8 %
Rwork0.285 430 -
obs--93.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CAPPING.PARAMCAPPING.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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