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万見
- PDB-1m34: Nitrogenase Complex From Azotobacter Vinelandii Stabilized By ADP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m34
タイトルNitrogenase Complex From Azotobacter Vinelandii Stabilized By ADP-Tetrafluoroaluminate
要素
  • (Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein ...) x 2
  • Nitrogenase Iron Protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITROGENASE / NITROGEN FIXATION / SIGNAL TRANSDUCTION / ELECTRON TRANSFER / ATP HYDROLYSIS / COMPLEX OF NITROGENASE PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / FE-MO-S CLUSTER / FE(8)-S(7) CLUSTER / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / Nitrogenase iron protein 1 / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schmid, B. / Einsle, O. / Chiu, H.-J. / Willing, A. / Yoshida, M. / Howard, J.B. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of the Crosslinked Complex of Nitrogenase: Comparison to the ADP-AlF4 Stabilized structure
著者: Schmid, B. / Einsle, O. / Chiu, H.-J. / Willing, A. / Yoshida, M. / Howard, J.B. / Rees, D.C.
履歴
登録2002年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.42019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein alpha chain
B: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein beta chain
C: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein alpha chain
D: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein beta chain
E: Nitrogenase Iron Protein 1
F: Nitrogenase Iron Protein 1
G: Nitrogenase Iron Protein 1
H: Nitrogenase Iron Protein 1
I: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein alpha chain
J: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein beta chain
K: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein alpha chain
L: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein beta chain
M: Nitrogenase Iron Protein 1
N: Nitrogenase Iron Protein 1
O: Nitrogenase Iron Protein 1
P: Nitrogenase Iron Protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)722,49660
ポリマ－709,88216
非ポリマー12,61444
水29,2561624
1
A: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein alpha chain
B: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein beta chain
C: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein alpha chain
D: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein beta chain
E: Nitrogenase Iron Protein 1
F: Nitrogenase Iron Protein 1
G: Nitrogenase Iron Protein 1
H: Nitrogenase Iron Protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,24830
ポリマ－354,9418
非ポリマー6,30722
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area55400 Å2
ΔGint-446 kcal/mol
Surface area87950 Å2
手法PISA
2
I: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein alpha chain
J: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein beta chain
K: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein alpha chain
L: Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein beta chain
M: Nitrogenase Iron Protein 1
N: Nitrogenase Iron Protein 1
O: Nitrogenase Iron Protein 1
P: Nitrogenase Iron Protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,24830
ポリマ－354,9418
非ポリマー6,30722
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area55440 Å2
ΔGint-443 kcal/mol
Surface area88370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)326.1, 75.8, 312.2
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 102.6, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細2:1 Complex Of Homodimeric Fe-Protein and Heterotetrameric Mofe-Protein. There are two complexes in the asymmetric unit

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要素

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Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein ... , 2種, 8分子 ACIKBDJL

#1: タンパク質
Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein alpha chain / NIFD / Nitrogenase MoFe protein alpha subunit / nitrogenase component I / dinitrogenase


分子量: 55231.848 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: p07328, UniProt: P07328*PLUS, nitrogenase
#2: タンパク質
Nitrogenase Molybdenum-Iron Protein beta chain / NIFK / Nitrogenase MoFe protein beta subunit / nitrogenase component I / dinitrogenase


分子量: 59404.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: p07329, UniProt: P07329*PLUS, nitrogenase

-
タンパク質 , 1種, 8分子 EFGHMNOP

#3: タンパク質
Nitrogenase Iron Protein 1 / NIFH / nitrogenase Fe protein alpha chain / Nitrogenase component II / Nitrogenase Fe protein 1 / ...NIFH / nitrogenase Fe protein alpha chain / Nitrogenase component II / Nitrogenase Fe protein 1 / Nitrogenase reductase


分子量: 31417.045 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: p00459, UniProt: P00459*PLUS, nitrogenase

-
非ポリマー , 9種, 1668分子

#4: 化合物
ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID


分子量: 206.150 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#5: 化合物
ChemComp-CFM / FE-MO-S CLUSTER


分子量: 775.440 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe7MoS9
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物
ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION


分子量: 102.975 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#10: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#11: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化温度: 296 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, cacodylate, magnesium chloride, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 296.0K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein11
2100 mMMOPS/Tris11pH7.3
3100 mM11NaCl
45 mM11NaF
50.25 mM11AlCl3
61 mM11MgCl2
71 mM11Na2ATP
85 mM11Na2S2O4
9100 mMcacodylate-HCl12pH6.5
1030 mM12MgCl2
1119 %(w/w)PEG800012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月11日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 273781 / Num. obs: 273781 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 66.9
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 665961 / Rmerge(I) obs: 0.128
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.9 % / Rmerge(I) obs: 0.266

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.236 12963 random
Rwork0.2 --
all-259977 -
obs-259977 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48460 0 484 1624 50568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.63
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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