+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1m32 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of 2-aminoethylphosphonate Transaminase | ||||||
要素 | 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PLP-dependent aminotransferase fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / 2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase activity / organic phosphonate catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, C.C.H. / Zhang, H. / Kim, A.D. / Howard, A. / Sheldrick, G.M. / Mariano-Dunnaway, D. / Herzberg, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Degradation Pathway of the Phosphonate Ciliatine: Crystal Structure of 2-Aminoethylphosphonate Transaminase 著者: Chen, C.C.H. / Zhang, H. / Kim, A.D. / Howard, A. / Sheldrick, G.M. / Mariano-Dunnaway, D. / Herzberg, O. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1m32.cif.gz | 486.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1m32.ent.gz | 410 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1m32.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1m32_validation.pdf.gz | 528.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1m32_full_validation.pdf.gz | 565.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1m32_validation.xml.gz | 112.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1m32_validation.cif.gz | 168.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/1m32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m3/1m32 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40675.422 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B384(DE3) 参照: UniProt: P96060, 2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase #2: 化合物 | ChemComp-PLP / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: ammonium acetate, sodium citrate, mmPEG5K, PLP, phosphate, DTT, phosphonoacetaldehyde, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.15→19.92 Å / Num. all: 264452 / Num. obs: 264452 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 15.5 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.152 / % possible all: 83 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 496002 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rfree: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.188 |