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万見
- PDB-1m32: Crystal Structure of 2-aminoethylphosphonate Transaminase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m32
タイトルCrystal Structure of 2-aminoethylphosphonate Transaminase
要素2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / PLP-dependent aminotransferase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / 2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase activity / organic phosphonate catabolic process
類似検索 - 分子機能
2-aminoethylphosphonate--pyruvate transaminase / Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...2-aminoethylphosphonate--pyruvate transaminase / Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / PHOSPHONOACETALDEHYDE / 2-aminoethylphosphonate--pyruvate transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chen, C.C.H. / Zhang, H. / Kim, A.D. / Howard, A. / Sheldrick, G.M. / Mariano-Dunnaway, D. / Herzberg, O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Degradation Pathway of the Phosphonate Ciliatine: Crystal Structure of 2-Aminoethylphosphonate Transaminase
著者: Chen, C.C.H. / Zhang, H. / Kim, A.D. / Howard, A. / Sheldrick, G.M. / Mariano-Dunnaway, D. / Herzberg, O.
履歴
登録2002年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42025年3月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
B: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
C: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
D: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
E: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
F: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,16318
ポリマ－244,0536
非ポリマー2,11112
水54,6583034
1
A: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
B: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0646
ポリマ－81,3512
非ポリマー7134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area25250 Å2
手法PISA
2
C: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
D: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0646
ポリマ－81,3512
非ポリマー7134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area24950 Å2
手法PISA
3
E: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
F: 2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0356
ポリマ－81,3512
非ポリマー6844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.6, 155.3, 168.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.6, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
2-aminoethylphosphonate-pyruvate aminotransferase / AEP-transaminase


分子量: 40675.422 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B384(DE3)
参照: UniProt: P96060, 2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-POA / PHOSPHONOACETALDEHYDE / ホスホノアセトアルデヒド


分子量: 124.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5O4P
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3034 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium acetate, sodium citrate, mmPEG5K, PLP, phosphate, DTT, phosphonoacetaldehyde, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.2 Mammonium acetate1reservoir
20.1 Msodium citrate1reservoirpH6.0
310-13 %PEG5000 MME1reservoir
418 mg/mlprotein1drop
58 mMphosphate1droppH7.5
60.8 mMdithiothreitol1drop
720 mMphosphonoacetaldehyde1drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-ID10.9790, 0.9791, 0.95
シンクロトロンNSLS X12C20.9787, 0.9791, 0.95
シンクロトロンAPS 17-ID31
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD1999年3月4日
BRANDEIS - B42CCD1999年8月23日
MARRESEARCH3CCD1999年3月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1cryogenically cooled Si(111) crystal system.MADMx-ray1
2Toroidal mirrorMADMx-ray1
3cryogenically cooled Si(111) crystal system.SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97911
30.951
40.97871
511
反射解像度: 2.15→19.92 Å / Num. all: 264452 / Num. obs: 264452 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.152 / % possible all: 83
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 496002
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
MADNESSデータ収集
TRUNCATEデータ削減
cadデータ削減
XPREPデータ削減
AMoRE位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
CNS精密化
MADNESSデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
CADデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 12668 -random
Rwork0.166 ---
all0.171 128378 --
obs0.17 127266 98.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16692 0 118 3034 19844
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rfree: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.005
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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