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- PDB-1m24: Trichotoxin_A50E, An Ion Channel-Forming Polypeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m24
タイトルTrichotoxin_A50E, An Ion Channel-Forming Polypeptide
要素TRICHOTOXIN_A50E
キーワードANTIBIOTIC / TRICHOTOXIN / PEPTAIBOL / ANTIBACTERIAL / ANTIFUNGAL
機能・相同性TRICHOTOXIN A50E / ACETONITRILE / :
機能・相同性情報
生物種TRICHODERMA VIRIDE (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Chugh, J.K. / Brueckner, H. / Wallace, B.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Model for a Helical Bundle Channel Based on the High-Resolution Crystal Structure of Trichotoxin_A50E
著者: Chugh, J.K. / Brueckner, H. / Wallace, B.A.
履歴
登録2002年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年9月5日Group: Derived calculations
改定 1.52012年12月12日Group: Other
改定 1.62017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRICHOTOXIN_A50E
B: TRICHOTOXIN_A50E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4304
ポリマ－3,3482
非ポリマー822
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: TRICHOTOXIN_A50E
ヘテロ分子

B: TRICHOTOXIN_A50E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4304
ポリマ－3,3482
非ポリマー822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area3660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)9.490, 16.850, 31.680
Angle α, β, γ (deg.)95.77, 98.07, 99.45
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRICHOTOXIN_A50E


タイプ: Peptaibol / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1674.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: TRICHOTOXIN_A50E IS AN OCTADECAMERIC HELICAL PEPTIDE. THE N-TERM IS ACETYLATED (RESIDUE 0)
由来: (天然) TRICHODERMA VIRIDE (菌類) / 株: NRRL 5242 / 参照: NOR: NOR01101, TRICHOTOXIN A50E
#2: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル


分子量: 41.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TRICHOTOXIN_A50E IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING ...TRICHOTOXIN_A50E IS LINEAR PEPTIDE, A MEMBER OF THE PEPTAIBOL FAMILY OF MEMBRANE CHANNEL FORMING PEPTIDES. HERE, TRICHOTOXIN_A50E IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 8.28 %
結晶化詳細: METHANOL:ACETONITRILE 1:10, EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION, TEMPERATURE 268K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 29.6 mg/ml / 一般名: peptide

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / タイプ: SRS / 波長: 0.6883
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月24日
放射モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.9→10 Å / Num. obs: 13427 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.79 % / Rmerge(I) obs: 0.0514 / Net I/σ(I): 15.03
反射 シェル解像度: 0.9→0.95 Å / 冗長度: 2.18 % / Rmerge(I) obs: 0.2614 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rmerge(I) obs: 0.0514
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.261

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
SHELXL-97精密化
SMARTV. 5.054 (BRUKER)データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODEL OF HELICAL PEPTIDE, RESIDUES 1-13.

解像度: 0.9→10 Å / Num. parameters: 2244 / Num. restraintsaints: 2814 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: USED WEIGHTED FULL MATRIX LEAST SQUARES PROCEDURE, NO RESTRAINTS USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.092 688 5.1 %RANDOM
all0.076 13427 --
obs0.075 -99.7 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 278 / Occupancy sum non hydrogen: 249
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数238 0 6 5 249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.101
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol1.186
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.091
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 0.9 Å / Rfactor all: 0.0762 / Rfactor obs: 0.0762 / Rfactor Rfree: 0.092 / Rfactor Rwork: 0.075
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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