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万見
- PDB-1m1u: AN ISOLEUCINE-BASED ALLOSTERIC SWITCH CONTROLS AFFINITY AND SHAPE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m1u
タイトルAN ISOLEUCINE-BASED ALLOSTERIC SWITCH CONTROLS AFFINITY AND SHAPE SHIFTING IN INTEGRIN CD11B A-DOMAIN
要素Integrin alpha-M
キーワードCELL ADHESION / INTEGRIN / CELL ADHESION PROTEIN / GLYCOPROTEIN / A-domain / CD11b
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade ...ectodermal cell differentiation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / : / complement receptor mediated signaling pathway / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / cargo receptor activity / phagocytosis, engulfment / negative regulation of dopamine metabolic process / forebrain development / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / plasma membrane raft / Integrin cell surface interactions / positive regulation of protein targeting to membrane / response to mechanical stimulus / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / response to ischemia / cell-matrix adhesion / Cell surface interactions at the vascular wall / response to amphetamine / integrin-mediated signaling pathway / microglial cell activation / cell-cell adhesion / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / external side of plasma membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / : / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Xiong, J.-P. / Li, R. / Essafi, M. / Stehle, T. / Arnaout, M.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: An isoleucine-based allosteric switch controls affinity and shape shifting in integrin CD11b A-domain.
著者: Xiong, J.P. / Li, R. / Essafi, M. / Stehle, T. / Arnaout, M.A.
履歴
登録2002年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3012
ポリマ－22,2611
非ポリマー401
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.7, 45.7, 94.8
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-M / CD11b


分子量: 22261.314 Da / 分子数: 1 / 断片: CD11b A-domain, Residues 123-315 / 変異: C128S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: P11215
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 15% PEG8K, 0.1M Tris-HCl 8.2, 5mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
215 %PEG80001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.2
45 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月15日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→8 Å / Num. obs: 7963 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): -2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088
反射
*PLUS
Num. obs: 7955 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.8 % / Rmerge(I) obs: 0.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1IDO

1ido


解像度: 2.3→8 Å / 交差検証法: througthout / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.248 315 random
Rwork0.188 --
obs-7759 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 1 39 1530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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