[日本語] English
万見
- PDB-1m10: Crystal structure of the complex of Glycoprotein Ib alpha and the... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1m10
タイトルCrystal structure of the complex of Glycoprotein Ib alpha and the von Willebrand Factor A1 Domain
要素
  • Glycoprotein Ib alpha
  • von Willebrand Factor
キーワードBLOOD CLOTTING / leucine-rich repeat / HEMOSTASIS / DINUCLEOTIDE BINDING FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


thrombin-activated receptor activity / glycoprotein Ib-IX-V complex / Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / positive regulation of leukocyte tethering or rolling ...thrombin-activated receptor activity / glycoprotein Ib-IX-V complex / Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / hemostasis / blood coagulation, intrinsic pathway / platelet alpha granule / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / positive regulation of intracellular signal transduction / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / regulation of blood coagulation / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / immunoglobulin binding / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin cell surface interactions / release of sequestered calcium ion into cytosol / fibrinolysis / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / MAP2K and MAPK activation / cell morphogenesis / platelet activation / response to wounding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / blood coagulation / integrin binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / external side of plasma membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain ...: / von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / von Willebrand factor type C domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor, type A domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / von Willebrand factor type A domain / Alpha-Beta Horseshoe / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / von Willebrand factor, type A / Leucine-rich repeat profile. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Willebrand factor / Platelet glycoprotein Ib alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Huizinga, E.G. / Tsuji, S. / Romijn, R.A.P. / Schiphorst, M.E. / de Groot, P.G. / Sixma, J.J. / Gros, P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Structures of glycoprotein Ibalpha and its complex with von Willebrand factor A1 domain.
著者: Huizinga, E.G. / Tsuji, S. / Romijn, R.A. / Schiphorst, M.E. / de Groot, P.G. / Sixma, J.J. / Gros, P.
履歴
登録2002年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: von Willebrand Factor
B: Glycoprotein Ib alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0662
ポリマ－56,0662
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.84, 89.84, 124.63
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 von Willebrand Factor


分子量: 23731.447 Da / 分子数: 1 / 断片: A1 domain / 変異: R543Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VWF / プラスミド: pPIC9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P04275
#2: タンパク質 Glycoprotein Ib alpha / Platelet glycoprotein Ib alpha chain


分子量: 32334.842 Da / 分子数: 1 / 断片: von Willebrand Factor binding domain / 変異: N21Q N159Q M239V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GP1BA / プラスミド: pCDNA3.1 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 組織 (発現宿主): kidney / 参照: UniProt: P07359
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3000, sodium chloride, MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mMTris1drop
2100 mM1droppH7.8NaCl
34 mg/mlprotein1drop
410 %(w/v)PEG30001reservoir
5200 mM1reservoirNaCl
6100 mMMES1reservoirpH5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8075 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→30.5 Å / Num. all: 10454 / Num. obs: 10454 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 3.09→3.2 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1037 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 40 Å
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1AUQ and 1M0Z

1auq

1m0z


解像度: 3.1→30.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1123736.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 529 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.237 10391 --
obs0.237 10391 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.2789 Å2 / ksol: 0.300589 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.1 Å217.03 Å20 Å2
2--10.1 Å20 Å2
3----20.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3688 0 0 0 3688
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.512.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 85 5 %
Rwork0.326 1622 -
obs-1707 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.08

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る